1、产权关系障碍：企业产权边界不清。
企业兼并要求产权有偿转让，前提是企业产权明晰。然而我国国企大多产权边界不清，其名义上为法人，实际并不具有法人财产支配，仅是掌握一定程度上的经营权而已，至于企业财产占有权、支配权和转让权，都掌握在政府手里。但产权主体所有者又往往缺位，企业责权不分，国有资产所有权职能中的管理职能与资产经营职能也不分。企业兼并实际必须经过政府主管部门批准才能进行。为此，严重妨碍了被兼并企业在产权交易市场上财产转让的正常运行。同时，也为兼并后各方利益等关系的协调埋下了隐患。
2、政府行为障碍：干预过度。
企业兼并是市场行为，但出于救活亏损困难企业的动机，政府主管部门往往过多进行行政干预，搞“拉郎配”式兼并。这种行政性兼并如果违背经济规律，不利于资源优化配置，而且往往易导致优势企业被拖垮的严重后果。
3、再就业障碍：被兼并企业员工下岗问题尖锐。
对于我国国企来说，由于劳动密集型企业占多数，员工素质较低，几乎无技术专长，年龄老化，退休人员包袱重的特点，再加上多年来人员过多早已成为国企提高经济效益的制约条件，由此大量员工下岗成为不可避免的棘手问题。
4、观念障碍：主要是经营理念滞后。
某种程度上这是国企推进兼并的最大障碍之一。我国现实存在以下两个方面问题：一是大多数弱势的企业经营者，由于面子意识作梗，无法正视企业被兼并这一现实，乃至无视企业利益，对兼并采
取消极态度;二是不少弱势企业的政府主管部门，也出于局部利益流失、管理权旁落等种种顾虑，不积极促成甚至有的阻挠兼并顺利进行。
上述种种，均导致了兼并过程的艰难和兼并后经营合作的不协调性，埋下了矛盾隐患。
