股权收购款的支付价格，有平价、低价、溢价以及零价格转让。实务中，个别工商登记机关对股权转让价格不干涉，听凭转让双方的真实意思。但大多数工商登记机关均以“注册资本非经法定程序，不得增加或减少”为由，要求平价转让，否则不予办理变更登记手续。为解决此种难题，实务中，一般会制作两份股权收购协议，工商登记机关一份，股东自己留一份。提交给工商登记机关的是平价转让，股东自己留的是低价或溢价，甚至零价。不过，提交给工商登记机关的协议上，一般会写上这样一句话，以做好两份协议的衔接：“此份股权收购协议，仅为办理工商登记所用。在股权收购过程中，双方可达成补充协议，补充协议与本协议不一致的，以补充协议为准”，工商登记机关对此特约条款，一般不作干涉。股东自己留存的股权收购协议中，也会在“鉴于条款”中列明：“本股权收购协议系提交给工商登记机关的股权收购协议的补充协议，两者不一致的，以本协议为准”。
上述两份“阴阳”合同的法律效力如何，尚有争议。笔者认为，对于内资收购来讲，“阴”合同系当事人的真实意思表示，也未损害第三人的合法权益，尽管不具有对抗第三人的效力，但在当事人之间是有法律约束力的，不应单纯以“协议未经备案”而确定其无效。
对于外资收购来讲，上述“阴”合同系无效合同。“阴”合同属于“阳”合同的补充协议，对股权转让的价格进行了实质性变更，违反了《最高人民法院关于审理外商投资企业纠纷案件若干问题的规定(一)》(法释〔2010〕9号，2010年8月16日起施行)第二条的规定，属于绝对无效的条款。该司法解释第二条规定：“当事人就外商投资企业相关事项达成的补充协议对已获批准的合同不构成重大或实质性变更的，人民法院不应以未经外商投资企业审批机关批准为由认定该补充协议未生效。前款规定的重大或实质性变更包括注册资本、公司类型、经营范围、营业期限、股东认缴的出资额、出资方式的变更以及公司合并、公司分立、股权转让等”。
为防止国有资产的流失，对于外资收购，审批机关(商务局)依据《外国投资者并购境内企业的规定》规定，都会要求提交目标企业的资产评估报告、净资产审计报告、法律意见书，且经“招拍挂”程序，以公允的价格收购目标企业，否则不予审批。
