尽管收购协议的当事人是收购方以及目标公司的股东。但是通常情况下，收购方进行收购之前会与目标公司董事会提出收购意向，双方就收购事项进行磋商和谈判，最终就收购事宜达成一致意见。在大多数情况下，这些工作是在收购方与目标公司之间秘密进行的。所以协议收购一般都是善意收购。
关于收购协议内容的协商和谈判的注意事项，参见本书关于非上市企业并购的兼并协议部分内容。
依据《上市公司收购管理办法》第16条的规定，涉及国家授权机构持有的股份的转让，或者须经行政审批方可进行的股份转让的，协议收购相关当事人应当在获得有关主管部门批准后，方可履行收购协议。
所以，如果股权转让协议涉及国家股或者(国有法人股)，必须向相应的国有资产管理部门提出报告，申请批准。另外有些特殊股份的转让还必须征得有关主管部门的批准。例如，在转让股份为外资股的情况下，必须获得外资管理部门的批准;如果上市公司为金融类公司，那么还必须获得中国人们银行总行的批准。如果出让的股份为非国有性质，那么股份持有人即为其所有人，只需征得持股股东的同意即可。
股权转让协议是上市公司收购中最重要的法律文件，协议双方当事人应当在协议中约定收购股份的数量、价格和履行方式、期限、双方的权利义务。股权收购协议实行的是有限的意思自治原则，即协议双方只能在证券法律规范允许的范围内进行自由的协商。如果双方的协议内容超出了有关证券法的强制性内容，那么这些条款是无效的。我国法律对于上市公司协议收购的限制性规定包括:
(1)在上市公司的收购中，如果已经采取了要约收购方式进行收购，收购人在收购要约期限内，不能采取协议收购的方式进行收购。这是收购要约法律效力的必然要求。否则，一方面收购人对广大股民发出收购要约，同时又和控股股东进行协议收购的话，则很可能损害到中小股东的利益。这是股东权一律平等的要求。
(2)发起人所持的股份在公司成立后3年内不得转让。股份一经发行，原则是可以自由转让的，但是法律对发起人自由转让其持有的股份的期限，是为了维持公司财产的稳定，同时避免发起人利用手中掌握的信息，进行内幕交易，损害其他股东和公司的利益。
(3)以协议收购方式进行上市公司收购，相关当事人应当委托证券登记结算机构临时保管拟转让的股票，并将用于支付的现金存放于证券登记结算机构指定的银行账户。这就是法律对于股权收购协议中关于协议涉及的股份和对价的支付方式的强制性要求。
(4)通过协议收购方式获取被收购公司股份并将该公司撤销的，属于公司合并，被撤销公司的原有股票由收购人依法更换。
(5)与要约收购一样，在上市公司协议收购中，收购人对所持有的被收购的上市公司股票，在收购行为完成后的6个月内不得转让。这也是为了防止内幕交易，维护证券市场的稳定、保护中小股东和公司的利益而设定的。
收购方以及目标公司在协议收购股权的过程中，双方签订收购协议以后必须履行法定的报告、公告义务，这实际上是信息披露制度在协议收购程序的要求。信息披露制度是证券法的一项基本制度。它始于1845年英国公司法关于公司章程的公开以及招股章程所载内容披露的规定，其目的在于使投资者在购买股票之前能充分了解发行公司的有关信息，然后自行决定是否购买。英国公司法中的公开制度被美国1933年证券法和1934年证券交易法采纳，目前已被各国接纳为证券法的一项基本原则，该原则在体现为与上市公司收购有关的重要信息均应充分披露，使面临收购的目标公司股东能够自行作出有根据的决定。因为只有这样，才能切实消除上市公司收购中的信息垄断，防止内幕交易和证券欺诈行为的发生，从而真正保护所有投资者的合法权益。
协议收购相关当事人完成上述程序之后，进入协议履行阶段。双方应当按照协议中约定的关于拟转让的股份的数量、价格、支付方式、履行期限等规定履行收购协议。
1、协议收购与公开收购。协议收购，是指收购人与标的公司的个别股东订立股份转让协议，以实现收购目的的上市公司收购方式。公开收购，是指收购人通过公开向标的公司的所有股东发出购买其所持股票的要约，在受要约人承诺后进行股份转让，以实现收购目的的上市公司收购方式。
2、部分收购与全面收购。部分收购，是指收购人计划收购标的公司的部分股份的上市公司收购方式。全面收购，是指收购人计划收购标的公司的全部股份的上市公司收购方式。
3、任意公开收购与强制公开收购。任意公开收购，是指由收购人自行决定的公开收购。强制公开收购，是指收购人在具备法定情形时，依法必须进行的公开收购。
上市公司收购针对的客体是上市公司发行在外的股票，即公司发行在外且被投资者持有的公司股票， 不包括公司库存股票和公司以自己名义直接持有的本公司发行在外的股票，前者如公司在发行股票过程中预留或未出售的股票，后者如公司购买本公司股票后尚未注销的部分。我国现行法律因采取实收资本制，公司拟发行股票须全部发行完毕后，才得办理公司登记，故我国公司法排斥了公司库存股票;同时，我国仅允许公司为注销股份而购买本公司股票，上市公司持有本公司股票也属禁止之列。据此，上市公司收购所称"发行在外的股票"，指上市公司发行的各类股票。我国股票分类比较复杂，在接受国外证券法股票传统分类的同时，还根据我国经济及社会的特殊状况，创设了若干中国特有的股票形式，如A股股票、B股股票和H股股票，此外还有流通股股票与非流通股股票等。我国上市公司收购制度所称的"发行在外的股票"指由上市公司发行的各种股票，不限于流通股股票。
公司收购客体不包括公司债券。公司债券是债券持有人合法拥有的、公司债券发行人承诺到期还本付息的债权凭证。债券持有人可到期要求债券发行人还本付息，但对债券发行人内部事务没有表决权。投资者即使大量持有某种公司债券，也不足以影响公司的股本结构和公司决策权。但若投资者收购在未来可以转换为公司股票的公司债券，且公司债券持有人申请将所持公司债券转换为股票时，债券持有人即转变为股票持有人，可直接参与公司事务。所以，可转换公司债券也可视为公司收购的特殊客体。
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