作为一种新型的企业组织形式，有限合伙也存在一些问题亟待解决。
(一)有限合伙人的管理合伙企业事务的问题
我国新《合伙企业法》规定了有限合伙人执行合伙事务的原则，“有限合伙人不执行合伙事务，不得对外代表合伙企业。”由于有限合伙人只出资，不参与日常的经营管理，只享受分红权，真正进行企业经营管理的是承担无限责任的普通合伙人。但是一般情况之下，有限合伙人才是企业真正的主要出资者，这也就是说，主要出资人不参与企业的经营管理，经营权反而是少量出资的普通合伙人拥有。那么在实践中万一出现普通合伙人违背诚实信用原则，与第三人恶意串通，损害有限合伙人利益的情况，这对有限合伙人是非常不利的。因此有限合伙这种经营模式就特别要求有限合伙人对普通合伙人的资质、诚信要甚为了解，否则就无法监督制约普通合伙人。
(二)法律体系尚不健全
新《合伙企业法》对有限合伙人出资首付比例未作明确规定，也未规定出资形式、剩余出资缴纳的时间界限、验资等，而是交由合伙协议约定，这种相对宽松的市场准入条件虽然有利于合伙企业的设立，但事实上对于合伙企业的运营，特别是对债权人来说是不利的。同时，《合伙企业法》与其它法律法规存在着许多矛盾，导致实践中大部分组织无法成为合伙企业的有限合伙人，大量资金未能够得到充分的流通。
(三)有限责任的保护范围问题
2006年《合伙企业法》第57条第1款规定:“一个合伙人或者数个合伙人在执业活动中因故意或者重大过失造成合伙企业债务的,应当承担无限责任或者无限连带责任,其他合伙人以其在合伙企业中的财产份额为限承担责任。”同条第2款规定:“合伙人在执业活动中非因故意或者重大过失造成的合伙企业债务以及合伙企业的其他债务,由全体合伙人承担无限连带责任。”依此,在有限合伙企业中,仅在一个合伙人或者数个合伙人在执业活动中因故意或者重大过失造成合伙企业债务的情况下,该合伙人应当承担无限责任或者无限连带责任,其他合伙人才能以其在合伙企业中的财产份额为限承担责任。由此可见,在特殊普通合伙企业中,合伙人仅仅在特定情况下才能享受有限责任的保护,并且该保护范围被严格限定于其他合伙人因故意或者重大过失而造成的侵权之债,其他债务则仍须承担无限连带责任。
