合伙企业的内部关系具体包括合伙人对合伙企业的出资义务、对合伙企业财产的共同支配权、对合伙企业经营活动损益的共担、对合伙企业事务共同决策权的享有、以及对合伙企业负有的竞业禁止和交易限制义务。基于合伙企业财产具有完整性和相对独立性的特点，从而使合伙企业的内部关系在实际审判中经常遇到一些问题。
(一)关于合伙人对合伙企业财产的处分权
基于合伙人对合伙财产的共有性，合伙人对合伙企业的财产亦享有共同的处分权。理论上合伙人对于合伙企业的财产的处分应该共同决定或在征得全体合伙人同意的情况下由具有代表权的合伙人进行处分，合伙人不得独自对自己的财产份额进行处分。但在实际交易过程中，合伙企业对合伙财产的处分经常是通过合伙人的具体行为体现的，对受让人来讲，会出现两种情况：一是明知合伙人擅自处分合伙企业的财产;二是对合伙人是否擅自处分合伙企业的财产并不知晓。对此，合伙人处分合伙企业的财产应如何确定其效力呢?按照通常的规则，一般以受让人是否为善意作为区分标准。何为善意呢?笔者认为受让人在接受合伙财产时应不知道或不应当知道合伙人处分的财产是合伙企业的财产或者是该合伙人无权处分的合伙财产。在具体操作中如何来判定善意的标准呢?首先从财产的性质上来判断,这种受让的财产应为动产，因不动产必须通过公示进行转让，故不应作为善意转让的对象。其二,出让人无权处分合伙企业的的同时受让人取得该合伙财产应为有偿取得。对于善意取得合伙财产应采用民法的善意取得理论对受让人予以保护，反之如果受让人并非善意取得，而是明知合伙人无权处分而与之进行的交易，更有甚者是与合伙人通谋共同侵犯合伙企业的利益，则应依法确认该转让行为无效，从而在保护交易安全的同时亦对合伙财产进行了必要的保护。
(二)关于合伙人对合伙企业财产份额转让的问题
合伙企业财产转让分为内部转让和外部转让两部分。内部转让是指合伙人将其在合伙企业财产中的财产份额部分或全部转让给其他合伙人的行为。外部转让是指合伙人将其在合伙企业财产中的财产份额部分或全部转让给合伙人以外的第三人的行为。从合伙人对合伙财产拥有的权利来看一般是允许合伙人对合伙企业的财产份额进行转让的，但在程序上应区分内部转让和外部转让作出不同的限制性规定。当合伙人进行内部转让时因不涉及合伙人以外的人加入合伙的问题，合伙企业存在的决定性基础没有发生变化，所以不需征求其他合伙人的意见，但因合伙企业具有人和性，合伙人之间具有诚信的义务，合伙人转让财产份额时也会引起合伙人之间财产份额比例的变化，故合伙人转让财产份额时应履行通知其他合伙人的义务。当合伙人进行外部转让时则不仅涉及到财产份额的变化而且涉及到合伙人的变更，应属于是合伙企业的一项重要事务。根据合伙企业人合性的特点，只有全体合伙人同意转让，才能与接受转让的人共同经营合伙事业，如果不同意转让，合伙企业就无法形成人合，达到共同经营的目的。所以，合伙人向外转让财产份额时不仅要征求其他合伙人的意见，还要取得其他合伙人的一致同意，同时在同等条件下其他合伙人还有优先受让的权利。
(三)关于合伙企业财产的盈余分配和亏损负担的问题
《合伙企业法》对合伙企业的性质界定为共享收益，共担分险的“营利性组织”。所以说合伙企业存在的目的在于获得利益，这就涉及到盈余分配和亏损负担的问题。合伙企业的盈余分配是指合伙企业当年或一段时间内经营盈利时对依法缴纳税款、弥补亏损、提取公积金、公益金、后备基金之后所剩余的利润按比例进行分配。合伙企业的亏损分担是指合伙人之间按比例来分担债务。关于利润分配的时间，原则上应由合伙人在合伙协议中约定,一般应按年度进行,即根据年终进行结算的结果进行分配。但是,对于特殊的或者临时性的合伙企业,也可经全体合伙人同意后按一定时期进行分配一般来说,为了保护债权人的利益,合伙企业在进行盈余分配时必须保留足够的财产用以清偿债务。关于利润分配的方案依法应有三种(1)按照合伙协议规定的比例;(2)按照全体合伙人的一致决定;(3)按法定比例即平均分配比例;关于合伙企业的分配比例通常有以下几种类型:(1)固定比例,一般平均分配,也可由当事人确定;(2)资本比例,按出资比例分配;(3)混合比例,即先支付资本利率,然后按固定比例分配剩余利率。其中,资本利率或采用银行利率或由当事人约定。同样合伙经营亏损的分担的办法与盈余分配相同,盈余分配的比例即是亏损分担的比例。同时从合伙人共享利益共担风险的宗旨出发,合伙协议不得约定将全部利润全部分配给合伙人或者由部分合伙人全部承担亏损，即使作出上述规定也将被认定为无效约定。
