一、外商投资企业法与公司法的适用
如前所述，中国在计划经济条件下形成了以所有制形式为标准的企业立法体系，随着计划经济向市场经济转轨，我国才开始了依据企业法律形态划分进行的企业立法，才有了规范有限责任公司和股份有限公司的《公司法》、规范合伙组织的《合伙企业法》和规范个人独资企业的《个人独资企业法》。然而，这些法律的颁布和实施，并没有能够使内、外资企业在组织上达到完全的、实质的统一，在一定程度上造成了法律适用上的冲突。
2005年10月新颁布了《公司法》，同时新《公司法》作为公司登记的基本法，使相应的登记事项和审查要求都发生了巨大变化，相关配套规章陆续出台：包括2006年1月1日起施行的国务院《关于修改〈中华人民共和国公司登记管理条例〉的决定》以及由国家工商行政管理总局颁布的《公司注册资本登记管理规定》;此外还有由国家工商行政管理总局、商务部、海关总署、国家外汇管理局于2006年公布的《关于外商投资的公司审批登记管理法律适用若干问题的执行意见》;商务部于2006年5月26日颁布的《关于外商投资举办投资性公司的补充规定》等。这些法律、法规和规章都有利于进一步鼓励和吸引对外投资，扩大对外资的使用。新《公司法》于2006年1月1日正式施行，它是在总结1994年以来我国的公司法实践并吸收世界先进国家的公司立法中的新内容的基础上修订出台的，新法结合了我国现阶段市场经济发展的现实需要和建立和谐社会的总体目标，强化了国际化特点，科学辩证地处理了许多公司法中的重大问题，使各方面利益需求和冲突在现阶段达到了一定平衡，符合我国现阶段经济发展的速度，改革的力度以及国民的法治意识。其中许多新的规定都是首次出现在我国的法律法规中，这些新规定可否适用于外商投资企业，或者当外商投资企业法与其规定不一致甚至冲突时应如何处理，这些问题便应运而生。
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从理论上讲，首先，《公司法》是规范全国范围内所有公司的设立、管理、运行及其终止、解散等重要事宜的，它无疑是规范全国所有公司企业的最具权威的法律，《公司法》第2条对调整范围作出了明确规定“本法所称公司是指依照本法在中国境内设立的有限责任公司和股份有限公司”。外商投资企业是在中国境内投资设立的公司，属于中国的法人，应该遵守中国的法律，理应受《公司法》的调整;外商投资企业法对此作出了相应的规定，其中以中外合资企业实施条例第2条的表述最为明确，即“依照《中外合资经营企业法》批准在中国境内设立的中外合资经营企业(以下简称合营企业)是中国的法人，受中国法律的管辖和保护”。其次，外商投资企业适用《公司法》是国家主权的要求。法律作为行使国家主权的重要工具，对其境内的所有自然人和法人都具有管辖权，对于在中国境内注册的具有中国法人资格的外商投资企业，依据《公司法》进行调整，这也是理所当然的。外资企业实施细则第2条“规定外资企业受中国法律的管辖和保护。外资企业在中国境内从事经营活动，必须遵守中国的法律、法规，不得损害中国的社会公共利益”。再次，外商投资企业法是作为我国专门规范具有外商投资因素的企业的法规。尽管《中外合资经营企业法》早在1979年就已经颁布了，远远早于后来的《公司法》，但是基本上采取的是出现什么具体问题解决什么具体问题的立法方式，因此，难免挂一漏万，不够全面不够系统。而新《公司法》则具有全面和系统的特点，毫无疑问地可以作为外商投资企业法最有益的补充。同时外商投资企业适用《公司法》的规定，有利于其进一步法制化和规范化，有利于我国投资环境的进一步完善。最后，从法理学的角度来讲，《公司法》相对于外商投资企业法属于一般法，或称普通法，是以一般的事项为使用标准的，即规范公司的组织和行为的法律。外商投资企业法相对于《公司法》属于特别法，是以特定的事项为使用对象的，即外商投资企业组织和活动的行为规范的法律。《公司法》应适用于国家主权管辖之下的所有有关公司的设立、活动、解散以及其他对内对外的关系，属于一般的原则;规范中外合资经营企业、中外合作经营企业和外资企业范畴的外商投资企业法属于特殊领域的规定，在《公司法》规制的范围之内，应当适用《公司法》的一般原则，遵守《公司法》的规定。
从实践中看，1993年《公司法》颁布后，三类外商投资的有限责任公司在适用相应的特别企业法的同时，也适用该《公司法》。1995年原外经贸部(现商务部)发布了《关于设立外商投资股份有限公司若干问题的暂行规定》，外商投资设立股份有限公司有了法律依据。2005年的新《公司法》第218条规定，外商投资的有限责任公司和股份有限公司适用本法;有关外商投资的法律另有规定的，适用其规定。本次修订明确了外商投资的股份有限公司的法律适用。扩大了《公司法》对外商投资企业的适用范围。《公司法》还对该四种企业的法律适用做了明确规定：当外商投资企业法的规定与《公司法》相同或者没有特别规定时，适用《公司法》;当外商投资企业法与《公司法》规定不一致时，适用外商投资企业法。
新《公司法》在一定程度上弥补了原公司法和外资立法双轨制的缺憾，但由于外商投资企业法本身的先天不足，其原已存在的问题并不能随着新《公司法》的施行而得到彻底解决，二者之间的冲突仍然无法完全消除。将外商投资企业法与公司法的法律规则加以综合比较，可以归为以下三种情况：
(1)二者的法律规定完全相同或类似。由外商投资企业与公司的交叉关系所决定，外商投资企业法中存在着与公司法完全相同或类似的规定，如合资企业法和公司法中关于合资方式或股东出资形式的规定、股东按出资比例分配利润的规定、股东以其出资额为限对公司承担责任的规定。然而，这种情况在合资企业法中为数不多而在合作企业法和外资企业法中则更为少见。
(2)二者对同样的法律事项作出不同法律规定的情况构成了外商投资企业法和公司法相互关系的主要特点。在关于企业或公司的设立制度、资本制度和组织机构以及清算、解散制度的规定中虽然二者所规范的法律事项是基本相同的，但其各自的规范内容却大不相同。例如外商投资企业的设立需要主管部门的批准，而公司法则没有关于批准程序的规定。同样是董事会，外商投资企业的董事会与公司的董事会职权并不完全相同。[page]
(3)二者各有自己的特定事项和内容。这些事项和内容为外商投资企业法或公司法所独有，如外商投资企业法中关于合资合同、合作合同的规定、关于外国合营者投资比例的规定、关于设立合资企业的行业限制的规定、关于外汇管理、劳动管理、财务管理的规定，这些在公司法中都没有，也没有必要予以规定。反过来，公司法中也有许多外商投资企业法中不曾有的内容，如有限公司最低资本限额的规定、无形资产出资比例限制的规定、股东出资验资及出资证明书的规定、股东会、监事会的设置、经理的具体职权。
