股权代持协议只要不违反法律的强制性规定，都是有效的。《最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定(三)》 第二十四条有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。
前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。
实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。
可能影响股权代持协议法律效力的主要是合同法第五十二条第(三)项中提到的“以合法形式掩盖非法目的”。
股权代持协议的主要目的是通过该协议实现隐名股东的投资目的。法律或行政法规可能禁止或限制隐名股东实施投资行为或投资于特定行业。如果隐名股东属于被禁止或限制实施投资行为的人，或者其拟投资的企业所在的行业属于法律或行政法规禁止或限制投资的特定行业，则股权代持协议可能被认定为具有非法目的。此时，尽管股权代持协议本身并不为法律或行政法规所禁止，但却可能因为其目的的非法性而被认定为属于“以合法形式掩盖非法目的”的行为，从而被认定为无效法律行为。
《合同法》的基本原则是，只要合同双方订立的内容不违背法律的基本规定，就是有效的，这是法律尊重合同当事人意思自治的体现。我国法律规定的无效情形是指：
(1)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;
(2)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;
(3)以合法形式掩盖非法目的;
(4)损害社会公共利益;
(5)违反法律、行政法规的强制性规定。
目前，司法解释认可了一般情况下代持协议的合法性，但是如果违反了法律的强制性规定，则协议仍将被视作无效。
目标公司的股权在未来存在多种变化的可能性，代持协议应当预见到这些可能发生的变化，并作出相应的约定。
虽然司法解释肯定了股权代持协议的效力，但是投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东(代持人)主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。
实际出资人想从幕后走到台前，成为法律认可的股东，光凭一纸代持协议是不够的。根据司法解释，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向法院请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。
在一般的股权代持关系中，实际出资人在幕后，名义股东则在台前代为行使股东权利，面对各种诱惑，很可能出现名义股东侵害实际出资人利益的情形。
以上几点，均反映了实际投资人的种种风险，以此看来，似乎名义股东在双方的法律关系中占尽主动，高枕无忧——毕竟，股权在我手中我怕谁?
但是情况并非如此，名义股东的风险有时并不比实际出资人小。比如：当实际投资人未履行出资义务时，若债权人追索，则名义股东需要在承诺的出资范围内承担补缴出资的义务，而不能以其不是实际投资人为由拒绝承担责任。
当然，如果实际出资人和名义股东各司其职良好合作，以上风险也许都能避免。但是代持协议还有一个绕不开的问题——即未来股权转让的税务风险。
当条件成熟、实际出资人准备解除代持协议时，税务问题就随之而来——从外观上看，实际出资人是从名义股东那里受让了股权，当然需要缴税!通常，税务机关对于当事人辩称因为股权代持关系，并未发生股权转让的说法并不认可，要求按照公允价值计算缴税。
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