公司合并与股权收购作为两种不同的法律行为，存在很重大的区别：
1.主体不同。公司合并是公司间的行为，主体是参加合并的各公司。公司合并要由参加合并的各公司作出决议，要有合并各方公司签订协议。股权收购是收购公司与目标公司的股东之间的交易行为，主体是收购公司与目标公司股东。协议收购中，收购方要与目标公司的股东订立协议;要约收购中，收购方要向全体股东发出要约。不论哪种方式，股份的出售者都是目标公司股东。与此相连的是股份收购决策的分散型和交易的困难性。
2.效力不同。公司合并的效力使公司实体发生变化，被并公司解散，丧失法律人格。吸收合并中，被吸收的公司解散，丧失法律人格，并入存续公司。新设合并中，各方都解散，丧失法律人格，新设公司取代合并各公司。
收购的效力使目标公司控股股东发生变化，目标公司本身不发生变化，依然存续。在股权收购中，收购方成为目标公司的控股股东，目标公司作为收购方的控股子公司而存在。在整个收购中，收购方成为目标公司唯一的股东，目标公司作为收购方的公司而存在。在整个收购中，收购方成为目标公司的唯一股东，目标公司作为收购方的全资子公司而存在。
于此相连，权利义务的承担也不同。公司合并中解散公司的权利义务由合并后存续公司和新设公司承担，公司收购中，目标公司本身未发生变化，并未丧失法律人格，其权利义务由目标公司自身承担。
3.性质不同。公司合并须由双方达成合并协议，是双方平等协商、资源合作的结果。合并公司与被合并公司处于“友好”关系中。双方平等自愿协商的结果，合并双方表面上也呈“友好”关系状态。在股权收购中，收购者与被收购的目标公司的关系就不尽一样。当被收购公司的管理层对收购响应并积极配合时，收购就成“友好”收购性质。当被收购公司管理层拒绝、阻碍收购时，收购就呈“敌意”收购性质。
4.控制程度不同。公司合并中，被并公司完全并入存续公司或新设公司，后者取得被并公司的全部财产、权利义务，被并公司作为存续公司、新设公司的一部分而完全受其控制。股权收购中，收购方既可以收购目标公司的全部股份，进而完全控制目标公司，也可以只收购的目标公司50%以上的股份，而取得对目标公司的控制权，实现拥有控制权下的“合资经营”。
5.程序和法律适用不同。公司合并作为一种法定合并，要严格遵守法定程序，包括董事会提出合并方案;股东会对合并做出特别决议;合并双方签订合并协议;实施债权人保护程序;办理合并登记等。
股权收购则不需要履行上述程序，不须取得目标公司管理层、权力机构的同意，不需要债权人保护程序等。上市公司股权收购主要履行证券法规定的有关程序。采取协议收购方式，收购人依照法律规定同被收购公司的股东签订股权转让协议，向证券管理部门及证券交易所报告并于公告后，履行收购协议。采取要约收购方式的，收购方持有被收购股份时，应进行报告和公告，持有股份超过30%继续收购的，则要发出收购要约，在收购要约期限(30-60日)完成收购。非上市公司之间的收购，属于股东转让出资、股份的行为，使用公司法关于股东转让股份、出资的规定。根据我国公司法的规定，有限公司中，股东可以相互转让其全部或者部分出资股东向股东以外的人转让出资，必须经全体股东大会半数同意;不同意转让的股东应当购买该转让的出资，若不购买该转让的出资，视为同意转让。非上市公司的收购，也要有收购方与目标公司的股东签订并履行股权转让协议。
由于上述的特点，股权收购具有以下的优势。
第一、股权收购法律程序简单。股权收购可以省去股东大会决议程序，可以省去被收购方董事会通过的程序，不必经股东大会以复杂多数的方式做出特别决议，不必取得被收购公司董事会、管理层的同意，这不但简化了程序，并减少的来自少数股东管理层的阻挠。股权收购可以省去债权人保护程序，这同样会减少来自债权人的阻挠。这种法定程序的简化，无疑有利于收购的成功和效率。
第二、股权收购可以有效地保留被收购公司的“壳”的资源。股权收购是指改变被收购公司的控股股东，而不改变被收购公司本身的法律人格、权利能力。被收购公司原来享有的各种权利，包括各种不可转让的权利、特权等，不受任何影响，被收购公司的壳的资源得以充分利用。
第三、股权收购有益于被收购公司的稳定。股权收购并不导致被收购公司的解散，因而不会出现公司动荡、雇员解雇与安置等问题。这有利于被收购公司的稳定和生产经营的连续性。
第四、股权收购可以减轻收购公司的风险。股权收购中，被收购公司仍为独立的法人存在，独立承担债权债务，收购公司不承担被收购公司原有的债权债务，对被收购公司收购后发生的债务，收购公司也仅作为股东间接地承担有限责任。因此，同公司合并相比，股权收购显然可以减少风险。
正是因为股权收购具有上述的独特的优点，它才越来越受到企业的青睐，成为当今世界企业并购重组、扩张发展的一个最重要的、最常用的手段。
当然，股权收购也有其自身局限：第一、股权收购实际实施过程复杂。股权收购虽然法定程序简单，但实际运作过程复杂，这主要表现在收购公司要同目标公司为数众多的股东打交道，订立股份出让协议。这种交易的分散性无疑会使收购的运作趋于复杂。第二、股权收购不利于被收购公司的全部、有力控制。股权收购中，被收购公司在法律上依然作为独立的主体存在，依法享受权利、承担义务。收购公司只是作为其控股股东对其进行控制。而且这种控制既可以是全部股份下的完全控制，也可以是部分股权收购下的部分控制。这种控制程度显然不及公司合并中的控制程度。第三、股权收购有时不利于收购当时公司的税收利益。股权收购后，被收购公司作为独立的法人仍是纳税主体，同公司合并相比，其税收利益会受到一定的影响。
针对上述的优缺点，当事人在进行公司经营时，应当选择适合自己企业的方式。
