对有限责任公司而言，绝对的股权自由转让原则缺乏应有的灵活性，特别是不能适应其封闭性的要求。因此，对于公司章程中的特别规定，各方都应当尊重。从合同法的角度分析，在公司法规定之外对股东转让股权设定特定的条件，是符合合同自由原则的，如此认识的依据即“公司的合同理论”。
实践中，一些公司股东基于对公司控制权之争往往对股权转让另加限制，如在章程中约定：“公司股权在股东间转让时，必须经其他股东过半数同意。经同意可以转让的股份，各股东按照持股比例在同等条件下享有优先购买权。”这样规定的目的，是为了保持各股东间利益的平衡，防止恶意股东借股权转让之机拥有多数股权，达到控制公司、损害其他股东的情形发生。基于有限责任公司人合性、封闭性的考量，对上述情形中关于公司法任意性条款的变更应得到充分尊重，其对股权转让的限定条件是有效的，违反该限定条件的股权转让是无效的。
在肯定章程可以对股权转让作出限制性规定的同时，必须明确，这一限制性规定是受到制约的，对于违反法律的强制性规定或者违反公司法原理的限制性条款，不应认定其效力。具体而言：1.公司章程对股权转让的限制性条款与法律和行政法规的强制性规定相抵触的，应确认该公司章程条款无效，对股东没有法律约束力，股东不因违反该条款转让股权而使签订的股权转让合同无效。2.公司章程的限制性条款造成禁止股权转让的后果。这种规定违反股权自由转让的基本原则，剥夺了股东的基本权利，应属无效，股权转让不因违反这些限制性规定而无效。
