一、个人股东转让股权
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》明确规定，个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。
对于股权的原值依照以下方法确认：
（一）以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
（二）以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；
（三）通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值；
（四）被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已按照《财政部、国家税务总局关于将国家自主创新示范区有关税收试点政策推广到全国范围实施的通知》（财税[2015]116号）、《国家税务总局关于股权奖励和转增股本个人所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2015年第80号）依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值；
（五）除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
对于个人多次取得同一被投资企业股权的，转让部分股权时，采用“加权平均法”确定其股权原值。
当然，按照上述方法确定股权原值需要个人股东提供完整、准确的股权原值凭证，未提供完整、准确的股权原值凭证，不能正确计算股权原值的，由主管税务机关核定其股权原值。
对于股权转让人满足相关条件，被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人再次转让股权时的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。
二、居民企业股东转让股权
《企业所得税法》规定，企业对外投资期间，投资资产的成本在计算应纳税所得额时不得扣除。企业转让资产，该项资产的净值，准予在计算应纳税所得额时扣除。
《企业所得税法实施条例》规定，企业对外进行权益性投资，形成投资资产，投资资产以历史成本为计税基础。历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。企业持有资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。
投资资产按照以下方法确定历史成本：
通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本；
通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条“关于股权转让所得确认和计算问题”规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
三、非居民企业股东转让股权
《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函〔2009〕698号）明确规定，非居民企业转让中国居民企业的股权所取得的所得要在中国缴纳企业所得税，股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。
（一）计算股权成本的币种
非居民企业股东转让中国居民企业的股权时，以非居民企业向被转让股权的中国居民企业投资时或向原投资方购买该股权时的币种计算股权成本价。如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权成本价。
（二）非居民企业存在多次投资情形，如何确定股权成本
如果同一非居民企业存在多次投资的，以首次投入资本时的币种计算股权成本价，以加权平均法计算股权成本价；多次投资时币种不一致的，则应按照每次投入资本当日的汇率换算成首次投资时的币种。
小结：
目前关于居民企业转让股权如何确定股权成本，仅规定了按照历史成本确定。但对于实践中会出现的较为复杂的情形，如通过多次投资取得股权，以及被投资企业以资本公积、留存收益转增股本等情形下，如何确定股权成本，税法相关规定尚不完善。企业在进行相关涉税处理时，应注意防范风险。
