1.股权转让协议和增资协议的合同当事人虽然都含有公司的原股东及出资人，但从协议价金受领的情况看，股权转让协议和增资协议中出资人资金的受让方是截然不同的。股权转让协议中的资金由被转让股权公司的股东受领，资金的性质属于股权转让的对价。而增资协议中的资金受让方为标的公司，而非该公司的股东，资金的性质属于标的公司的资本金。
2. 股权转让协议和增资协议支付价金一方的当事人对于标的公司的权利义务不同。股权转让协议中，支付价金的一方在支付价金取得了公司股东地位的同时，不但继承了原股东在公司中的权利，也应当承担原股东对公司从成立之时到终止之日的所有义务，其承担义务是无条件的。而增资协议中支付价金一方的投资人是否与标的公司的原始股东一样，对于其投资之前标的公司的义务是否承担，可以由协议各方进行约定，支付价金的一方对其加入该公司前的义务的承担是可以选择的。
3. 从出资后，标的公司的注册资本的变化看，股权转让协议签订后，出资人履行义务完成时标的公司的注册资本是保持不变的，仍然为原数额。而增资协议签订后，标的公司的注册资本发生了变化。
