大股东占款行为，是指大股东或实际控制人侵占上市公司资金的行为。大股东占款无论对公司的治理还是股市都有影响。大股东占款的危害主要体现在以下几个方面：
1.对上市公司的正常经营产生影响，将部分上市公司推到退市或破产的边缘
。*ST联谊发布公告称，针对大股东大庆联谊石油化工总厂对公司27 539万元欠款，大股东没有偿还公司资金和其他资产，大股东及下属企业用其所持有的股权3600万股作质押，由于该部分股权价值发生了变化，公司将根据净资产的变化，预计对应收大股东欠款补提坏账准备金5 000至5 500万元。公司表示，由于已连续两年亏损，如果公司2006年度报告仍然亏损，公司股票将被终止上市。
2.影响到证券市场功能与效率的正常发挥。
过度的大股东占款危机，很容易扭曲证券市场的资源配置功能与效率功能的正常发挥，部分并购、重组案例常常由于大股东占款和巨额债务而夭折，使证券市场的效率大打折扣。如sT中华A的重组，华融资产管理公司从2000年9月即开始介入重组，但由于ST中华A大股东占款11亿元，负债21亿元，资产负债率高达500%，至今也未能迈出实质性重组步伐。
3.公司被掏空，危及股市安全，加大了证券市场的系统性风险。
如某医药，其大股东及关联方占款额高达32亿元，占公司总资产的46%，净资产的140%;而猴王股份自上市以来，其大股东猴王集团从公司套走了近6亿元的现金和4亿元的贷款担保，约占猴王股份总资产的123%。这对股市安全构成了极大的信用威胁，加大了证券市场的系统性风险。
4.资金被抽走，上市公司运营困难。
资金严重匮乏，企业举步维艰。近日，阿继电器发布公告称，公司213O5年度业绩预计亏损8000万元左右，主要原因是对大股东占用资金计提25%的坏账准备。从公司2005年半年报披露的数据来看，该报告期大股东阿城继电器集团有限公司对上市公司的欠款金额达到了2.21亿元，频繁而高额的大股东占款，给企业的正常生产经营和稳定发展带来困难。
5.损害中小股东和债权人的利益。
实际运行中，一旦大股东发生财务危机，通常会将上市公司拖下水，从而将灾难转移到上市公司的流通股一中小投资者身上，使他们成为无辜的牺牲品。如ST轻骑，在其12亿元的大股东巨额占款被披露后，股价从6元跌至1元。
6.加大了上市公司的财务风险。
上市公司由于存在着应收大股东的巨额款项，使企业的流动资产结构极不合理，降低了流动资产的流动性，从而极大地削弱了企业的短期偿债能力，导致上市公司资本结构恶化，使上市公司面临不能偿还到期债务的财务拮据风险。
