1、涉及公司内部关系的纠纷：公司利益分配纠纷，股东权利行使的纠纷、出资瑕疵对内承担责任的纠纷。
2、涉及公司外部责任承担的纠纷：股权转让的纠纷，出资瑕疵对外承担责任的纠纷等等。
对于隐名股东的股东主体资格认定问题，需要考虑以下几点问题：
1、在股东出资不足、瑕疵的情况下，公司债权人是否知道隐名股东的存在。如果明知隐名股东对公司出资情况并实际控制公司股份的，可以要求隐名股东和显名股东承担连带责任。
2、公司隐名股东与显名资格确认的纠纷中，隐名股东可以依据协议等实质证据直接对抗显名股东。可以不改变股东名册而直接确认其股东资格。
《公司法司法解释三》第二十三条规定：当事人依法履行出资义务或者依法继受取得股权后，公司未根据公司法第三十一条、第三十二条的规定签发出资证明书、记载于股东名册并办理公司登记机关登记，当事人请求公司履行上述义务的，人民法院应予支持。
第二十四条规定：有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。
对这两类不同的涉及隐名股东问题的纠纷处理时，我们仍应坚持“双重标准，内外有别”的处理公司法问题的这一基本原则，从公司内部关系和外部关系两个角度入手。
具体而言：
其一、在处理公司内部关系引发的纠纷时，主要应遵循契约自由、意思自治的原则。隐名股东与显名股东就权利义务分配达成的契约与一般的民事契约没有本质区别，只要双方意思一致且不违反法律法规的强制性规定，就应对双方具有约束力。在公司内部，这种契约改变的仅仅是公司股东间的权利义务分配而已，并不涉及公司以外的第三人的利益，所以，只要这种契约属于双方真实意思表示且属善意，就应该确认该契约的法律效力，从而确认隐名股东的股东资格；
其二、在处理公司外部法律关系时，则应遵循公示主义原则和外观主义原则，维护交易秩序和安全，保护善意第三人利益。公示主义原则和外观主义原则是在追求效率的同时，确保商事主体的信用和正常的商事秩序。
在涉及第三人时，则要首先迅速、准确、权威的判定隐名投资人和显名投资人谁是法律所确认的股东，因为登记的形式主要是对外，是为第三人更容易判断和辨识，在与公司以外的第三人的争议中对于股东资格的认定比实际特征更有意义，也更容易辨识。股东在法律上表现的实质特征的功能主要是对内，用于确定股东之间的权利义务，在解决股东之间的争议时实质特征意义优于形式特征，而签署公司章程反映行为人作为股东的真实意思表示，其效力又应优于其他实质特征，所以在与公司交易时认定股东资格的凭证应当是工商登记，显名投资人应被确认为公司股东。
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