从法律上讲，子公司是一个独立的法人，而分公司则不是一个独立的法人。从税务的角度讲，不论是子公司，还是分公司，都应在其所在国缴纳所得税。但是，大多数国家对在该国注册登记的公司法人（子公司）与外国公司设在该国的常设机构（分公司）在税收上是有不同规定的。前者往往承担全面纳税义务，后者往往承担有限纳税义务。此外，在税率、优惠政策等方面，也互有差异。这在设立公司时，是必须筹划的一个问题。
分公司的税收待通往往不同于子公司。许多国家对外国公司的分支机构利润，除征收公司所得税外，还要开征一种“分支机构税”。如分支机构成为外国公司的子公司时，此税相当于对其分配股息所征的所得税额。多数国象征收分支机构税时，是就分支机构扣除应征的公司所得税后的全部利润征收，即使事实上并无汇出利润也要征收此税，即不考虑这笔利润是否汇往总公司作为股息。也有些国家只就分支机构未再投资于固定资产的利润征税。还有些国家只就利润的汇出部分征税，也称为“汇出税”。我国原规定的对外资企业汇出利润课征10％的预提税即属于这一性质。
对跨国公司而言，将其某些附属机构设为子公司，而将另一些设立为分公司，从纳税筹划的角度出发，应从以下方面加以考虑：
（1）设立子公司在东道国只负有限责任的债务（虽然有些需母公司担保），但设立分公司时，总公司则需负连带责任。
（2）东道国适用税率低于居住国时，子公司的累积利润可得到递延纳税的好处；另外，某些国家子公司适用的所得税率比分公司低。
（3）许多国家允许在境内的企业集团内部公司之间的盈亏互抵，子公司就可以加入某一集团以实现整体利益上的纳税筹划。设立分公司时，在经营的初期，境外企业往往出现亏损，分公司的亏损可以冲抵总公司的利润，减轻税收负担。
（4）于公司有时可以享有集团内部转移固定资产增值部分免税的税收优惠；而设立分公司时，因其与总公司之间的资本转移，不涉及所有权变动，不必负担税收。
（5）子公司向母公司支付的诸如特许权、利息、其他间接资等，要比分公司向总公司支付，更容易得到税务认可。
（6）子公司利润汇回母公司要比分公司灵活得多，资本利得可以保留在子公司，或者可以选择税负较轻的时候汇回，得到额外的税收利益；而分公司交付给总公司的利润通常不必缴纳预提税。
（7）母公司转售境外子公司的股票增值部分，通常可享有免税照顾，而出售分公司资产取得的资本增值要被课税。
（8）境外分公司资本转让给子公司有时要征税；而子公司之间的转让则不征税。
