一、注销分公司的程序
1、总公司做出关于分公司注销决定文件
2、总公司出具承诺书、担保函
3、理账、清税
4、出具注销税务报告
5、注销国税
6、注销地税
7、注销营业执照
8、注销组织机构代码
9、注销海关、外汇登记
10、注销分公司社保登记
11、注销银行账号
12、注销分公司公章
二、注销的具体流程
1、登报
2、在注销税务(一般公司有国税地税)之前，缴清所有税款，如有逾期缴税情况，应补缴税款及罚款滞、纳金，必须缴清以前年度残疾人保障金(如在注销税务之后发现以上款项未缴纳，注销程序就变得麻烦和复杂)
3、缴清所有款项之后先去营业税所在税务所注销税务(一般的公司在国税) 然后去另一个税务局注销(一般为地税)
4、国地税注销完之后， 去注销工商营业执照
5、最后注销组织机构代码证
三、注销分公司的损失如何申报扣除?
网友提问：我公司在外地有一个分公司，所得税实行汇总申报。在分公司关闭过程中的资产损失如何申报?
律师回答：《国家税务总局关于印发(跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法)的通知》(国税发[ 2008]28号)第14条规定，撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴人中央国库。
第35条规定，分支机构注销后15日内，总机构应将分支机构注销情况报主管税务机关备案。
第36条规定，总机构及其分支机构除按纳税申报规定向主管税务机关报送相关资料外，还应报送《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》、财务会计决算报告和职工工资总额情况表。
第37条规定，分支机构的各项财产损失，应由分支机构所在地主管税务机关审核并出具证明后，再由总机构向所在地主管税务机关申报扣除。
根据上述规定，分公司在注销过程中的资产损失，注销时由分支机构所在地主管税务机关审核并出具证明，汇算清缴时由总机构向所在地主管税务机关申报扣除。
