目前，商业贿赂案件查办存在以下几个误区。
主体认定误区。商业贿赂的违法主体包括了行贿主体和受贿主体。在对商业贿赂行为的调查中，执法人员容易侧重对作为行贿方的经营者进行调查，易遗漏作为索贿方或受贿方的经营者，忽略受贿者与行贿者所要获取的交易机会和交易条件之间的关联性，导致查办商业贿赂行为的范围变窄。
回扣定性误区。《反不正当竞争法》规定，在“账外暗中”给予对方单位或者个人回扣的，以行贿论处;对方单位或者个人在“账外暗中”收受回扣的，以受贿论处。执法人员在实际调查时，普遍以其是否入账作为查处标准，往往忽略“入账回扣”的商业贿赂模式。《商品流通企业财务制度》规定，经营者给予或收受回扣的，应冲成本账目，而不能记入其他科目。实际上，很多经营者将回扣“入账”，甚至也缴税，只是不使用法定入账方式或者入的不是法定财务账目，使得回扣具有迷惑性，这种情形依然有可能构成商业贿赂。
入账判断误区。虽然给予或收受回扣、折扣、佣金在《反不正当竞争法》中以是否明示入账作为判别其是否为商业贿赂的标准，但商业贿赂并不仅限于上述几种方式。笔者认为，判定其是否构成商业贿赂，关键看其行为是否以排挤其他经营者为目的，而不应仅将是否入账作为判别标准。如果查证其行为明显超出一般意义上的商业惯例，即使是符合合同明示以及按规定入账的情形，仍然可能构成商业贿赂行为。
