对于实质性减资，股东实际上收回了投资，要按照《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局2011年第34号公告）的规定处理：“投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得。”
公司减资的税收计算：
国家税务总局《关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局2011年第34号公告）规定：“投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得。被投资企业发生的经营亏损，由被投资企业按规定结转弥补；投资企业不得调整减低其投资成本，也不得将其确认为投资损失。”
投资企业由于撤资或者减资等原因从被投资企业分回的资产，税务处理的原则和企业清算所得税的处理原则基本一致，即分回的资产扣除初始投资成本后，属于应归属的留存收益的部分确认为股息所得，剩余部分确认为股权转让所得。之所以采用这种原则，主要原因是撤资或者减资属于全部或部分投资关系终止，该部分投资权益已经终结，即权益的连续性不再存在。此外，如果投资企业从被投资企业分回的包括实物资产，应该按照实物资产的公允价值确认收入或者所得。
《公司法》第四十七条规定：董事会行使制定减少注册资本的方案。
《公司法》第三十八条规定：对公司减少注册资本进行决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。
《公司法》第一百七十八条规定：公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。公司减资后的注册资本不得低于法定的最低限额。
我国《公司法》第二百零五条还规定，公司减少注册资本时不依法通知、公告债权人的，由公司登记机关责令改正，并对公司处以一万元以上十万元一下罚款。
按照我国《公司法》第二百一十二条的规定，公司因减少注册资本而导致注册登记事项发生变更的，应当依法办理变更登记手续。公司不依法办理变更登记的，由公司登记机关责令限期登记；逾期不登记的，处以一万元以上十万元以下的罚款。
除法人型企业的外，其他非法人型企业对外承担的都是无限责任，如私营独资企业、合伙企业均由投资者或合伙人对债权人承担无限清偿责任。因此，不论这些企业是否减少注册资本，都不影响企业投资者的偿债能力。相反，法人型企业则以企业拥有的资产为限对债权人承担有限责任，若法人型企业的注册资本被减少了，那么必然削弱了企业清偿债务的能力，客观上损害了债权人的利益。
若减少注册资本的行为在债务发生前，那么此行为不需要承担民事责任。因为债权人建立在新的信赖基础上与该企业发生业务，此时的债权是基于变更后的注册资本发生的。反之，如若减少注册资本的行为发生在债务形成之后，对这种行为就有可能要求其承担责任。因为债权人与该企业发生业务，是基于对该企业原有的注册资本在内的所有财产的信赖，注册资本减少了，其信赖程度降低了，同时也降低了清偿能力。
为了保障债权人的权利，公司法同时明确规定了公司减资的法定程序和限制。即，公司应当自作出减少注册资本决议之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自公告之日起45日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。公司减资后的注册资本不得低于法定的最低限额。上述直接通知义务系针对公司作出减资决议时的已知债权人，公告通知义务系针对公司做出减资决议时的未知债权人。
如果公司减资未通知债权人的，导致债权人丧失了根据公司法的规定及时要求公司清偿债务或提供担保的权利，此时公司股东的减资行为对债权人不具有对抗效力。如公司减资按法定程序通知了债权人，债权人未及时行使权利，则事后债权人不能以此为由向公司或股东主张权利。
我国公司法第一百八十条第二款规定：公司应当自做出减少注册资本决议之日起10内通知债权人，并于30日内在报纸上至少公告三次。债权人自接到通知书之日起10日内，未接到通知的自第一次公告之日起90日内，有权要求公司清偿债务或提供相应的担保。企业法人在减少注册资本前，对债权人形成的债务，如果在减少注册资本时没有依债权人的要求提供担保，那么就应该由减少注册资本的受益者，即投资人（或主管部门）承担民事法律责任。公司债权人此时应明确权利救济途径和对象。
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