(一)被合并企业应视为按公允价值转让、处置全部资产，计算资产的转让所得，依法缴纳所得税。
[解析：公允价值：所谓的公允价值就是市场经济条件下买卖双方公平交易所达成的价格，几乎所有并购重组活动都会涉及资产公允价值问题，如果说甲乙双方有关联关系，通常可由独立的第三方评估确定。对甲企业来说要以“公允价值”减去资产净值来确认所得依法缴纳所得税]
(二)被合并企业以前年度的亏损，不得结转到合并企业弥补。
[解析：甲企业以前年度的亏损，是指：法定弥补年限以上的亏损不得结转到合并企业弥补，] 另外国税发[1998]97号规定：.企业以吸收合并或兼并方式改组，被吸收或兼并的企业和存续企业符合纳税人条件的，[这一点非常重要，是指分别符合独立纳税人条件的]应分别进行亏损弥补。合并、兼并前尚未弥补的亏损，分别用其以后年度的经营所得弥补，但被吸收或兼并的企业不得用存续企业的所得进行亏损弥补，存续企业也不得用被吸收或兼并企业的所得进行亏损弥补。[也就是说：如果被合并企业已不具备纳税条件时，亏损弥补按本条第(五)项第3款进行处理。]
(三)合并企业接受被合并企业的有关资产，计税时可以按经评估确认的价值确定成本。被合并企业的股东取得合并企业的股权视为清算分配。
[解析：乙企业计税时可以按经评估价或公允价确认成本，甲企业的股东取得股权视为清算分配，对股东个人来说取得并持有股权不征个人所得税，但转让时要按“财产转让所得”计征个人所得税。]
(四)合并企业和被合并企业为实现合并而向股东回购本公司股份，回购价格与发行价格之间的差额，应作为股票转让所得或损失。
[解析：如果说甲、乙企业的股东原持有的股权是1元/股，合并企业按1、20元/股收回，原股东是企业的，对益价2角/股作为转让所得征收企业所得税;原股东是个人的，作为股票转让所得征收个人所得税。合并企业支付的益价款可视为损失]
(五)合并企业支付给被合并企业或其股东的收购价款中，除合并企业股权以外的现金、有价证券和其他资产(以下简称非股权支付额)，不高于所支付的股权票面价值(或支付的股本的账面价值)20%的，经税务机关审核确认，当事各方可选择按下列规定进行所得税处理：
[解析：A、股权票面价值：即按1元/股发行股票，经营的无论是盈利还是亏损，实际无论是0、8元/股还是1、2元/股，都确定为1元/股;B、股本的账面价值：即净资产价值，或者是0、8元/股或者是1、2元/股。对合并企业来说，支付股权以外的价款不高于上述两个价值20%的，经税务机关审核确认，当事各方可选择按下列规定进行所得税处理：] 1.被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。 2、被合并企业合并以前的全部企业所得税纳税事项由合并企业承担; 3、以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。
另外国税发[1998]97号也规定：.“企业以新设合并方式以及以吸收合并或兼并方式合并，且被吸收或兼并企业按《条例》及其实施细则规定不具备独立纳税人资格的，各企业合并或兼并前尚未弥补的经营亏损，可在税收法规规定的弥补期限的剩余期限内，由合并或兼并后的企业逐年延续弥补。” 具体按下列公式计算：某一纳税年度可弥补被合并企业亏损的所得额=合并企业某一纳税年度未弥补亏损前的所得额×(被合并企业净资产公允价值÷合并后合并企业全部净资产公允价值)。 [例如：甲企业的净资产300万元，以公允价310万元转让给乙企业，乙企业净资产公允价800万元，2004年乙企业实现应纳税年得额600万元甲企业前5年累计亏损400万元，计算可弥补额?即：可弥补额 = 600×310÷800 = 232、5万元] 4.被合并企业的股东以其持有的原被合并企业的股权(以下简称旧股)交换合并企业的股权(以下简称新股)，不视为出售旧股和购买新股处理。被合并企业的股东换得新股的成本，须以其所持旧股的成本为基础确定。[page]
但未交换新股的被合并企业的股东取得的全部非股权支付额，应视为其持有的旧股的转让收入，按规定计算确认财产转让所得或损失，依法缴纳所得税。[以上可以理解为：甲企业的股东不参与乙企业投资(要钱或物)，也就是上述所说的“取得的非股权支付额”。 超过净资产的部分，视为转让所得，征收企业所得税，(低于净资产的部分—损失自行承担);原股东是个人的，作为股票转让所得征收个人所得税] 5.合并企业接受被合并企业全部资产的计税成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定。
(六)资产计价折旧的税务处理
国税发[1998]97号规定：企业合并、兼并后的各项资产，在缴纳企业所得税时，不能以企业为实现合并或兼并而对有关资产等进行评估的价值计价并计提折旧，应按合并或兼并前企业资产的账面历史成本计价，并在剩余折旧期内按该资产的净值计提折旧。凡合并或兼并后的企业在会计损益核算中，按评估价调整了有关资产账面价值并据此计提折旧的，应在计算应纳税所得额时进行调整，多计部分不得在税前扣除。
(七)关联企业之间通过交换普通股实现企业合并的，必须符合独立企业之间公平交易的原则，否则，对企业应纳税所得造成影响的，税务机关有权调整。
(八)如被合并企业的资产与负债基本相等，即净资产几乎为零，合并企业以承担被合并企业全部债务的方式实现吸收合并，不视为被合并企业按公允价值转让、处置全部资产，不计算资产的转让所得。合并企业接受被合并企业全部资产的成本，须以被合并企业原账面净值为基础确定。被合并企业的股东视为无偿放弃所持有的旧股。
[解析：在甲企业资产和负债为零时，对甲没有所得可谈，其股东也一无所有，对乙而言：须按甲的账面净值为基础确定入帐价值，按按收资产的性质来确定负债支出。]
(九)减免税优惠的处理国税发[1998]97号规定
1.企业无论采取何种方式合并、兼并，都不是新办企业，不应享受新办企业的税收优惠照顾。
2.合并、兼并前各企业应享受的定期减免税优惠，且已享受期满的，合并或兼并后的企业不再享受优惠。
3.合并、兼并前各企业应享受的定期减免税优惠，未享受期满的，且剩余期限一致的，经主管税务机关审核批准，合并或兼并后的企业可继续享受优惠至期满。
4.合并、兼并前各企业应享受的定期减免税优惠，未享受期满的，且剩余期限不一致的，应分别计算相应的应纳税所得额，分别按税收法规规定继续享受优惠至期满。合并、兼并后不符合减免税优惠的，照章纳税。
