公司合并遵循以下程序：
一、订立合并协议。《公司法》第174条规定，公司合并，应该由合并各方签订合并协议。合并因当事公司之间的合同而成立。一般来讲，在公司合并实践中，往往是公司管理层在得到公司董事会的授权后即进行合并谈判，并代表双方公司拟定“合并协议”。合并计划需要经过公司董事会的同意。合并计划经由董事会同意推荐给股东会，然后征得各自公司股东会的同意。如果合并双方股东会批准了合并计划，合并协议发生法律效力。
二、董事会决议。公司合并应首先经由董事会作出合并决议。尽管我国公司法没有对董事会的合并决议作出规定，但这确属应有之义。公司合并本身就是公司董事会权限范围内的事情，只不过公司合并构成了对股东利益的重大影响。因此，公司合并计划经由董事会同意后，还需要提交股东会的审议。
三、股东会决议。公司合并对公司的重大变更事项，对股东利益影响甚大。因此，公司合并必须经由股东会同意后方可实施。我国《公司法》规定，其决议方法，在有限责任公司，必须经代表2/3以上有表决权的股东通过;在股份有限公司，必须经出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过。
四、政府批准。如果合并需要取得主管机关审批的，则需要取得其批准。如修订以前的《公司法》规定，股份有限责任公司的合并必须经国务院授权的部门或者省级人民政府批准。
五、编制资产负债表及财产清单。《公司法》第174条规定，公司决议合并时，应立即编制资产负债表和财产清单。编制资产负债表和财产清单的目的是为了便于了解公司现有资产状况。
六、对债权人的通知或者公告。因公司合并对债权人利益构成影响，法律要求公司在作出合并决议之日起通知或者公告债权人。
七、办理合并登记手续。公司合并完成后，应当办理相应的注销、变更或设立登记。
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