公司合并是一种法律行为，公司合并不仅涉及公司的变化，还关系到公司债权债务关系人的利益，必须依法定程序进行。
1、公司合并决议与批准
公司在合并协议正式达成之前，必须先在公司内部形成一致意见，作出决定。根据《公司法》第46条、第112条规定，公司合并，先由公司董事会拟订方案;第38条、第103条、第182条规定，公司合并，应当由公司的股东会作出决议;同时《公司法》第183条还规定：股份有限公司合并，必须经国务院授权的部门或者省级人民政府批准。
2、签订公司合并协议
公司合并时，由参与合并各方法定代表人在协商一致的基础上签订合并合同。合并合同应采取书面形式，并载明合并的宗旨、合并的原因、条件，合并后存续公司或新设公司的名称、性质、住所，合并各方的资产状况及其处置方法，合并各方债权债务的处理，新设公司或存续公司股分总数、种类及各股份数额或股份增加数额，股份的转换方式，合并合同或存续公司的股东，公司章程的拟定或修改，不同意参与合并的股东的退股和收购。
3、编制表册、通知债权人
公司合并，应当编制资产负债表及财产清单，并通告债权人。《公司法》第184条第3款规定：公司应当自作出合并决议之日起10日内通告债权人，并于30日内在报纸上至少公告3次。依照《公司法》第217条规定，公司在合并时，不按规定通知或者公告债权人的，责令改正，对公司处以1万元以上10万元以下的罚款。债权人自接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自第一次公告之日起90日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。不清偿债务或者不能提供相应的担保的，公司不得合并。
公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
4、登记
公司合并时，应在一定的期限内向登记主管机关申请办理有关登记手续。根据《公司法》第188条规定，公司合并，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记;公司解散的，应当依法办理公司注销登记;设立新公司的，应当依法办理公司设立登记。另据《中华人民共和国企业法人登记管理条例》第19条规定，企业法人合并，应当在主管部门或者审批机关批准后30日内，向登记主管机关申请办理变更登记、开业登记或者注销登记。
由此可见，根据法律、法规规定必须报经审批设立的公司或股份有限公司在作出合并决议并报经有关部门批准后，其他公司在作出合并决议后，应在规定的期限内向主管登记机关申办有关登记手续。首先，经合并后存续的公司必然在公司名称、住所、经营范围、法定代表人、经营方式、注册资金、经营期限或者经济性质等登记注册事项方面发生不同程度的变化，根据《企业法人登记管理条例》规定，应当申请办理变更登记;根据《公司法》第225条规定，公司不按规定办理有关变更登记的，责令限期登记，逾期不登记的，处以1万元以上10万元以下的罚款;第二，公司合并后，必然导致原有公司的一个或几个甚至全部解散，也就出现了通常所讲的企业法人歇业，必须向登记主管机关办理注销登记手续。
根据《企业法人登记管理条例》第21条规定，企业法人办理注销登记，应当提交法定代表人签署的申请注销登记报告、主管部门或者审批机关的批准文件、清理债务完结的证明，经登记主管机关核准后，收缴《企业法人营业执照》及副本，撤销注册号，收缴公章，并将注销登记情况告知其开户银行;第三，新设合并后新成立的公司，标志一个新的公司法人将诞生，必须按照《公司法》和《企业法人登记管理条例》及其施行细则办理公司开业登记，由登记主管机关在受理申请后30日内，做出核准登记或者不予核准登记的决定。
根据中国公司法和企业法人登记管理制度体现出的原则，只有经过变更或设立登记，签发新的营业执照后，公司合并才算最终完成。
