有限合伙企业，首先是合伙企业。按照我国税法的规定，合伙企业是税收透明体，本身不缴纳所得税(含企业所得税和个人所得税，下同)，合伙企业生产经营所得和其他所得按“先分后税”的原则处理。合伙企业以每一个合伙人为独立的纳税义务人，合伙人是自然人的，缴纳个人所得税。合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
一般来说合伙企业的合伙人是对合伙企业的权利义务承担无限连带责任的，这种合伙人被称为普通合伙人。而有限合伙企业是合伙企业的一种特殊形式，其合伙人是有一名以上承担无限连带责任的普通合伙人和一名以上承担有限责任的有限合伙人共同组建的特殊合伙企业。具体关于有限合伙企业的设立等相关法律问题不是本文关注的核心，本文的重点在于有限合伙企业取得了投资收益后该如何缴税?
有劳动性生产经营活动的有限合伙企业，其生产经营过程中，除了所得税，其他纳税义务与有限责任公司并无太大区别，经营业务根据实际内容缴纳流转税(如营业税、增值税等)及相关财产税(房产税等)和财产行为税(土地增值税、印花税等)，而只有所得税的计算方式明显区别与有限公司。
1、有限合伙企业所得税征税原则
目前，有些地区对于自然人出资建立的合伙企业和个人独资企业可以采取核定征收的方式来计征其个人所得税，然而这部分核定征收的所得范围并不包括合伙企业对外投资取得的利息、股息、红利所得。根据现行税法之规定，合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目，税率为20%，计算缴纳个人所得税。而法人合伙人应将其分得的红利所得，计入其应纳税所得额，计算并缴纳企业所得税
虽然按照现行税法的规定，企业对外投资取得的股息红利所得，可以免征企业所得税，但是对于企业合伙人从合伙企业(不适用企业所得税法，不属于居民企业)获得利息、股息、红利所得，原则上不属于法人合伙人直接对外投资，不适用企业所得税法及实施细则中“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入”的规定，即：这部分投资收益需要缴纳企业所得税。
2、有限合伙企业取得投资收益分配原则
合伙人分得的利息、股息、红利所得按合伙协议约定的分配比例，合伙协议未约定分配比例的按合伙人数平均计算自然人和法人的红利所得。但合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
3、法人合伙人企业所得税应纳税所得额计算原则
有限合伙企业若有经营亏损，而企业合伙人本身生产经营有盈利的，不得用合伙企业的亏损来冲减本企业的盈利。即：A 有限公司与H自然人成立了S有限合伙企业，S有限合伙企业2013年经营出现亏损，按照合伙协议，A公司承担170万元，而A公司当年自身经营有300万的盈利，按照现行税法的规定，A公司不能以合伙企业的170万亏损来冲减其生产经营的利润，其2013年需要按照300万的利润计算并缴纳企业所得税。
4、纳税时点
合伙企业取得投资收益，自然人合伙人应自行申报按合伙协定约定比例计算的红利所得，需在合伙企业取得红利的次月十五日内按“利息、股息、红利所得”申报个人所得税，向合伙企业所在地主管税务机关报送《个人所得税自行纳税申报表》。
企业合伙人企业所得税纳税时点为按季预缴、年度汇算清缴。
5、法定纳税地点
有限合伙企业的合伙人可能来自不同地区，虽然合伙企业本身不缴纳所得税，而是所有合伙人按照“先分后税”的原则，各自独立计算其应缴纳的所得税，而有限合伙企业取得投资收益后所有合伙人却并不能回到合伙人住所去缴纳所得税，其法定纳税地点为合伙企业实际经营管理地，即合伙企业注册所在地。比如湖北省地税局在2009年发文规定：为防止税收流失，合伙企业中法人和其他组织应缴纳的企业所得税由合伙企业的主管税务机关负责征收管理。
