根据《公司法》的规定，可发行公司债券的企业只能是股份有限公司和有限责任公司，与此相比，企业的范畴要远大于公司。我国的企业债券发行主要根据是1993年出台的《企业债券管理条例》，当时，《公司法》尚未出台，股份有限公司和有限责任公司也尚未成为国有企业组织制度改革的主要方式。
1994年之后，虽然相当多国有企业进行了公司制改革，名称上也挂上了“公司”二字，由此，似乎企业债券就是公司债券的代名词了，但事实上，由于国家计委只管政府部门和国有企业的投融资安排，不管非国有企业的类似活动，所以，企业债券自一起步就限制在国有经济部门内，与众多的公司数量相比，它所涉及的发债主体比公司债券要窄得多。鉴于1990年代中期，一些地方发生了企业债券到期难以兑付本息的风险，国家计委上收了企业债券的审批权，从而，形成了企业债券由国家计委集中管理审批的格局。这一历史过程表明了，企业债券并非公司债券。
从分析角度看，企业债券与公司债券的主要区别有几个方面：
第一，发行主体的差别。公司债券是由股份有限公司或有限责任公司发行的债券，我国2005年《公司法》和《证券法》对此也做了明确规定，因此，非公司制企业不得发行公司债券。企业债券是由中央政府部门所属机构、国有独资企业或国有控股企业发行的债券，它对发债主体的限制比公司债券狭窄得多。在我国各类公司的数量有几百万家，而国有企业仅有20多万家。在发达国家中，公司债券的发行属公司的法定权力范畴，它无需经政府部门审批，只需登记注册，发行成功与否基本由市场决定；与此不同，各类政府债券的发行则需要经过法定程序由授权机关审核批准。
第二，发债资金用途的差别。公司债券是公司根据经营运作具体需要所发行的债券，它的主要用途包括固定资产投资、技术更新改造、改善公司资金来源的结构、调整公司资产结构、降低公司财务成本、支持公司并购和资产重组等等，因此，只要不违反有关制度规定，发债资金如何使用几乎完全是发债公司自己的事务，无需政府部门关心和审批。但在我国的企业债券中，发债资金的用途主要限制在固定资产投资和技术革新改造方面，并与政府部门审批的项目直接相联。
第三，信用基础的差别。在市场经济中，发债公司的资产质量、经营状况、盈利水平和可持续发展能力等是公司债券的信用基础。由于各家公司的具体情况不尽相同，所以，公司债券的信用级别也相差甚多，与此对应，各家公司的债券价格和发债成本有着明显差异。虽然，运用担保机制可以增强公司债券的信用级别，但这一机制不是强制规定的。与此不同，我国的企业债券，不仅通过“国有”机制贯彻了政府信用，而且通过行政强制落实着担保机制，以至于企业债券的信用级别与其他政府债券大同小异。
第四，管制程序的差别。在市场经济中，公司债券的发行通常实行登记注册制，即只要发债公司的登记材料符合法律等制度规定，监管机关无权限制其发债行为。在这种背景下，债券市场监管机关的主要工作集中在审核发债登记材料的合法性、严格债券的信用评级、监管发债主体的信息披露和债券市场的活动等方面。但我国企业债券的发行中，发债需经国家发改委报国务院审批，由于担心国有企业发债引致相关对付风险和社会问题，所以，在申请发债的相关资料中，不仅要求发债企业的债券余额不得超过净资产的40%，而且要求有银行予以担保，以做到防控风险的万无一失；一旦债券发行，审批部门就不再对发债主体的信用等级、信息披露和市场行为进行监管了。这种“只管生、不管行”的现象，说明了这种管制机制并不符合市场机制的内在要求。
第五，市场功能的差别。在发达国家中，公司债券是各类公司获得中长期债务性资金的一个主要方式，在上世纪80年代后，又成为推进金融脱媒和利率市场化的一只重要力量。在我国，由于企业债券实际上属政府债券，它的发行受到行政机制的严格控制，不仅明年的发行数额远低于国债、央行票据和金融债券，也明显低于股票的融资额，为此，不论在众多的企业融资中还是在金融市场和金融体系中，它的作用都微乎其微。
