在公司瑕疵设立中，注册资金不实是最突出的问题。对于出资不实的责任，我国公司法规定了出资不实股东的出资填补责任和其他发起人的连带认缴责任，而未明确将股东未出资、未足额出资、未适当出资和抽逃出资的情况包括在内。
根据公司法第二百零六条、第二百零八条的规定，办理公司登记时虚报注册资金、提交虚假证明文件或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记的，公司的发起人、股东未交付货币、实物或者未转移财产权，虚假出资，欺骗债权人和社会公众，应承担责令改正、罚款或者撤销公司登记责任，情节严重的依法追究其刑事责任。《中华人民共和国公司登记管理条例》等法规只是对这些规定进行了细化，未规定公司瑕疵设立的民事责任。最高人民法院?1994?4号《关于企业开办的其他企业被撤销或者歇业后民事责任承担问题的批复》，将适用范围限制在企业开办的其他企业被撤销、歇业或者视同歇业后的责任承担中，但其蕴含的司法精神显然具有一般意义。企业法人倘若存在着设立瑕疵，包括注册资本不实和不符其他法人条件的，法院可在个案中对其法人资格进行认定，即注册资本虽未缴足，但已达到了法定最低注册资本的要求并符合其他法人条件的，承认其法人资格，开办企业应当在未缴足注册资本的限额内对公司的债务承担责任;开办企业未缴纳注册资本或者缴纳的注册资本达不到法定最低注册资本，或者不符合其他法人条件的，否定其法人资格，由开办企业对其债务承担责任。而且，这种一般法理也可以适用于企业法人被撤销、歇业或者视同歇业、破产后的一般情况。笔者建议，这一批复对公司瑕疵设立也应适用。
