一、上市公司非公开发行新股
按照新《上市公司章程指引》第21条的规定，上市公司可以非公开发行股票。非公开发行股票是上市公司融资的一个新渠道，为上市公司引入新的战略股东、注入新的优质资产提供了途径。《上市公司证券发行管理办法》对上市公司非公开发行股票作了相关规定。
二、股东表决权排除制度
股东表决权排除制度，即表决权回避制度。确立表决权排除制度实际上是对利害关系和控股股东表决权的限制和剥夺，客观上保护了公司和小股东的利益。1997年版的《上市公司章程指引》引入了表决权排除制度，但是对该项制度的规定并不彻底，原指引第72条为避免因关联股东回避表决导致股东大会表决时难以达到足够的通过率，对关联股东回避作出了例外规定："如有特殊情况关联股东无法回避时，公司在征得有权部门的同意后,可以按正常程序进行表决"。而新修订的《上市公司章程指引》删除了该项规定。今后上市公司在遇到因关联股东回避表决导致股东大会难以达到足够的通过率的情况时，只能设法召集更多的非关联股东参会，再次召开股东大会进行表决。
三、发起人和公司高管持有股权禁售期的变化
新《公司法》第142条对原《公司法》关于股份公司发起人三年内不得转让所持股份、公司董事、监事、经理转让股份的禁止等规定作了重大修改。对发起人所持有的股份禁售期缩短，将更好地为创业投资基金的退出创造条件，而对董事、监事、高管人员出售公司股份规定可以有条件地出售，则对股票期权这种股权激励方式提供了制度上的支持。值得注意的是，上市公司章程可以对公司董事、监事、高级管理人员转让其所持有的本公司股份作出其他限制性规定。
四、对外担保事宜
从新《公司法》及其后监管层颁布的《关于规范上市公司对外担保行为的通知》等相关规定来看，立法层和监管层对上市公司担保问题的监管思路有了较大改变，根据现行的相关规定，公司章程可以自由设定公司担保事项的决策机构，但是公司为股东和实际控制人提供担保时，必须经股东大会决议通过且相关股东要回避表决。从以往一味对担保对象的严格限制转变为如今着重强调担保决策程序的合法，可谓是立法思路的进步。
五、发行优先股有了预留空间
根据新《公司法》第167条的规定，股份公司可以在章程中约定按股东持股比例以外的情形分配公司利润，新颁布的《上市公司章程指引》也删除了原指引中"公司发行的所有股份均为普通股"的规定。这为上市公司发行优先股提供了法律上的支持。此外，新版《上市公司章程指引》第15条规定"同种类的每一股份应当具有同等权利",第78条规定"股东(包括股东代理人)以其所代表的有表决权的股份数额行使表决权"，这两条规定意味着不同种类的股份可以有不同的权利，没有表决权的股份，是不能表决的。而优先股符合没有表决权这一特征，可见，中国资本市场上股权融资方式多样化的时代很快就会到来。
六、内部董事不能超过半数
监管层已经注意到了上市公司中存在的内部人控制问题，《上市公司章程指引》第96条第3款规定："董事可以由经理或者其他高级管理人员兼任，但兼任经理或者其他高级管理人员职务的董事以及由职工代表担任的董事，总计不得超过公司董事总数的1/2。"
七、选聘会计师事务所
1997年版的《上市公司章程指引》规定"在会计师事务所职位出现空缺，董事会在股东大会召开前，可以委任会计师事务所"，在实务中，也经常出现董事会决定、股东大会追认的聘用程序。新《上市公司章程指引》第159条规定："公司聘用会计师事务所必须由股东大会决定，董事会不得在股东大会决定前委任会计师事务所。"
八、累计投票制
2002 年初颁布实施的《上市公司治理准则》首次在我国引入了董事选举的累积投票制，此次新《上市公司章程指引》第82条对上市公司实施累计投票制进行了原则性规定。从累计投票制度本身看，它虽为扩大小股东的发言权提供了相应保证，但这种保证仍以小股东持有或者合计持有一定数量的表决权为条件。若小股东持股数量过低，或者不能有效地一致行动，累积投票制将难以充分地发挥其作用。因此，在实际操作中，从累积投票制中获益的往往是持股仅次于大股东的股东们。通常情况下，累积投票制只有在差额选举时才有实际意义。然而，我国上市公司在采用累积投票制选举董事时实行的往往是等额选举。由于拟选出的董事人数与提交股东大会审议的候选人人数相同，使累积投票制按照候选人得票多少的顺序而非具体得票数量来决定是否当选的设计失去了意义。这也是累计投票制在当前实践中最突出、最普遍的一个问题。
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