新修改之《中华人民共和国公司法》于2006年1月1日开始正式施行，对于有限责任公司的规定主要有：第一、二、三、六、八章。公司法在本次修改中大量赋予了股东意思自治权，原来的一些强制性条款取消，股东可以运用这些赋权性条款强化《公司章程》这一公司股东之间“协议”的作用，改变原来套用《公司章程》，公司章程千篇一律的情况，发挥《公司章程》对于公司、股东、董事等相关事务的作用。
有限责任公司在公司法修改后章程中必备和可以自由约定的事项如下：
1.股东出资比例和分红比例可以约定不一致;
2.股东行使表决权是否按出资比例;
3.董事长产生办法;
4.利用好监事会对股东会的监督，能起到很好效果，加大监事会或监事在公司内部管理权限;
5.出资形式多元化，只要是能用货币估价的均可出资(但是此约定急待需要相应评估机构业务相衔接);
6.股权转让可以不受内部优先购买权的限制，自由转让可以公司章程中特别约定;
7.公司解散事由可以作出特别约定，决定股东行使退股权;
8.合法继承人继承股权的特殊限制。
公司章程可以特殊约定的范围在本次《公司法》修改后不止这些，利用好这些非强制性约定对于公司内部治理能带来广阔空间
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