基于公司擅自设立分支机构存在两种情形，及《公司法》和《公司登记管理条例》“冒用名义”的要求，应当按不同情形、适用不同的法规予以定性处罚，即：
一是以公司分公司的名义对外从事经营活动的分公司，依据《公司法》第十四条第一款和《公司登记管理条例》第四十八条为禁则，《公司法》第二百一十一条和《公司登记管理条例》第八十条为罚则，予以处罚。--基于《公司法》和《公司登记管理条例》的规定完全一致，是否可以单独适用《公司法》或《公司登记管理条例》直接予以处罚?从理论上说，单独适用法或者条例，都是可行的。
二是公司擅自设立的不以公司分公司的名义对外从事经营活动的分支机构，因其不存在“冒用名义”的要件，应当依据《公司法》第十四条、《无照经营查处取缔办法》第二条、第四条之(一)、(二)、(三)项(根据实际情况选择)为禁则，《无照经营查处取缔办法》第十四条第一款为罚则作出处罚。
单纯的无照经营行为与公司擅自设立分支机构行为，虽然在违法主体和经营者组织结构上有所区别，但最终体现的都是未经登记注册、取得营业执照而从事经营活动的实质。在《公司法》对公司擅自设立的不以公司分公司的名义对外从事经营活动的机构，没有规定处罚方式的前提下，按《无照经营查处取缔办法》予以查处，同样符合了《无照经营查处取缔办法》第十四条第二款“对无照经营行为的处罚，法律、法规另有规定的，从其规定。”之规定，因而是恰当的。
