公司设立协议若不采取书面形式订立，容易导致纠纷发生时没有法律依据的风险;除此之外，公司设立协议应当约定保密条款，公司设立过程中，特定的专利技术、技术秘密，或者具有特殊的经营方式或服务理念的公司，更应作保密的约定，以更好地保护公司权益。
(一)缺少书面公司设立协议的法律风险
实践中，公司的出资人因较少考虑公司设立过程出现的问题，或缺乏书面的设立协议。因出资人之间缺少设立协议的约束，权利和义务的边界模糊，当公司设立活动出现与预想结果相悖的情况时，纠纷和诉讼可能性增加。而且由于出资人放弃了明确股东之间进一步权利义务划分的机会，潜在的不确定法律风险将一直持续存在于公司股东之间。
(二)公司设立协议约定不当的法律风险
公司设立协议从本质上隶属民事法律关系中的合同，所有违反公司设立协议的行为，对出资人而言都是违约行为，适用合同法的有关规定。在公司不能依法成立的情形下，设立协议显得格外重要：可以根据设立协议确定公司不能合法设立的原因;可以根据设立协议判定出资人的违约行为;可以根据设立协议确定违约人的赔偿责任等。
然而当公司设立协议并没有明确约定权利义务以及违约责任时，法律风险同样存在。实践中公司设立协议约定事项违法的情况也偶有发生，违法条款某些是个别无效，某些则可能影响公司成立。
(三)设立协议的保密条款
公司在设立过程中，有关将来公司的很多资料、信息都没有采用其他保密措施，出资人之间依君子协定并不能完全解决保密问题，在设立协议中应当明确保密条款，尤其是具有特定的专利技术、技术秘密，或者具有特殊的经营方式或服务理念的公司，更应作保密的约定。
对于公司成立后有部分股东不参与经营管理的公司，设立协议时所约定的保密条款应扩大到公司成立之后。一是避免股东利用股东身份损害成立后的公司利益;二是避免股东利用该公司的信息“另起炉灶”，与公司形成直接竞争关系。
(四)缺乏股东之间约束机制的法律风险
股东作为公司的投资者和公司利益的享有者，能够了解公司的全部经营活动，但股东因出资的多寡从公司获取的利益有所差异，当股东了解的经营信息能够获得远远超出其出资获得的收益时，约束股东对经营信息的滥用就显得十分必要。
公司可以通过劳动合同、规章制度等为员工设定行为规范，公司法对董事和经理规定了基本义务，但股东行为的限定，只能通过股东之间的相互约束，包括设立协议约定和股东制定的公司章程来完成。实践中最为常见的缺乏对股东约束的法律风险体现在竞业禁止。公司股东另外投资从事与公司相同的行业，形成与公司直接或间接的竞争关系，在公司存在不参与经营的小股东的情况下，这种法律风险更为突出。
(五)公司设立协议约定不完备的法律风险
公司设立协议主要解决设立人出资问题，所以关于设立人出资数额、方式、时间的条款必然是设立协议的重点，但是仅仅约定上述问题还不算约定完备。约定完备的设立协议应该包括以下主要条款：
1、设立人的基本情况;
2、拟设立公司基本情况，如公司名称、住所、注册资本和经营范围等;
3、设立人的出资数额、出资比例、出资方式、出资的缴付期限、所占股权比例、股权的转让规定等;
4、设立人在设立过程中的权利和义务;
5、公司设立不成功时的费用承担;
6、设立人对特定信息的保密约定;
7、设立人协商确定的约束股东特定行为的条款，如竞业限制等;
8、违约责任条款;
9、解除协议条款和争议解决条款;
10、公司利润的分配。
因为设立协议主要解决出资人出资问题，因此也常被称为出资协议，它虽与公司章程具有一致性和许多相同之处，但两者的性质和功能不同，其中效力期间和约束对象就有明显的不同，所以即使是设立协议约定恰当，在与公司章程发生矛盾时也应以公司章程规定为准，而发起协议只对原始的发起人具有约束力。
