1、认证
(1)认证时间
纳税人申报抵扣的增值税专用发票必须自发票开具之日起90日内报送税务机关进行认证，否则不得抵扣进项税额。
(2)认证方式
①手工认证：纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣联，必须在每月月底之前到所属区(分)局办税服务厅进行认证。税务机关认证后，向纳税人下达“认证结果通知书”和“认证结果清单”。对于认证不符及密文有误的抵扣联，税务机关暂不予抵扣，并当场扣留作调查处理。未经认证的，不得申报抵扣。
②网上认证：纳税人按月将取得的防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣联通过企业采集方式软件生成电子数据，在每月月底前，一次或分次报送至税务机关。
因企业采集方式软件或硬件设施损坏等原因，纳税人在该月月底前无法形成电子数据的，纳税人可持专用发票抵扣联原件到主管区(分)局认证;因网络故障等原因，纳税人无法通过网络报送电子数据的，纳税人向主管区(分)局报送载有电子数据的磁盘等电子介质认证，认证时必须同时携带专用发票抵扣联原件。
2、纳税申报资料
(1)必报资料
①《增值税纳税申报表(适用于增值税一般纳税人)》及其《增值税纳税申报表附列资料(表一)、(表二)、(表三)、(表四)》;
②使用防伪税控系统的纳税人，必须报送记录当期纳税信息的IC卡(明细数据备份在软盘上的纳税人，还须报送备份数据软盘);
③《资产负债表》和《利润表》;
④《成品油购销存情况明细表》(发生成品油零售业务的纳税人填报);
⑤《海关完税凭证抵扣清单》及其电子数据的软盘(或其它存储介质);
⑥《增值税运输发票抵扣清单》及其电子数据的软盘(或其它存储介质);
⑦《废旧物资发票开具清单》及其电子数据的软盘(或其它存储介质)(废旧物资回收经营单位报送);
⑧《废旧物资发票抵扣清单》及其电子数据的软盘(或其它存储介质)(接受可抵扣废旧物资发票的纳税人报送);
⑨《企业税源状况月报表(适用于一般纳税人)》;
⑩主管税务机关规定的其他必报资料。
(2)备查资料
①已开具的普通发票存根联;
②符合抵扣条件并且在本期申报抵扣的增值税专用发票抵扣联;
③海关进口货物完税凭证、运输发票、购进农产品普通发票及购进废旧物资普通发票的复印件;
④收购凭证的存根联或报查联;
⑤代扣代缴税款凭证存根联;
⑥主管税务机关规定的其他备查资料。
纳税人在月度终了后，应将备查资料认真整理并装订成册。对属于扣税凭证的单证，根据取得的时间顺序，按单证种类每25份装订一册，不足25份的按实际份数装订
(3)增值税纳税申报资料的报送要求。
纳税人应在规定期限内向主管征税机关的办税服务厅申报缴纳增值税，并按相应的填表说明填报本办法规定的纳税申报纸质资料(一式两份)和报送有关电子数据的软盘(或其它存储介质)。
3.抄税
纳税人每月将防伪税控开票系统中的数据抄至“税控IC卡”上，在办理完纳税申报手续的同时报给所属区(分)局办税服务厅进行抄税。纳税人抄税数据大于申报表数据的，税务机关将暂扣“税控IC卡”，核实处理以后再退还给纳税人。纳税人必须在纳税申报的同时进行抄税，逾期抄税的，税务机关将暂停供应发票。
