1、“公司章程自治失灵”或不可避免
公司章程自治实质上赋予了公司以及公司股东自行决定自己的事务的权利，但公司章程自治失灵在实践中或不可避免，这多数情况表现为大股东的权利滥用，也不排除小股东权利滥用的情形。现代公司实行资本多数决原则，占有资本多数的大股东控制了公司，有限责任公司虽然体现了一定的人合性，这种人合性体现的是股东之间的一种亲密性，并不排斥有限责任公司资合性的特点，也就是说，有限责任公司也一样被大股东所操纵。大股东对公司的操纵常常表现为，为个人利益来损害公司和其他小股东的利益。因此大多数情况下，公司章程自治实质上成了公司大的股东的自治，公司的意识可能体现的只不过是大股东的个人意志，小股东在公司章程自治方面即使不同意也不得不接受这种局面。这样就可能出现大股东利用优势地位侵犯小股东利益的情况，就需要对公司章程自治加以限制。另一方面，小股东也存在滥用权力的可能性(如本文的案例部分)，小股东基于自身的利益考量，而对公司自治过程中阻挠公司的发展或者大股东的决策，那么无论出现哪一种形式的权利滥用，都可能会导致公司章程自治出现“失灵”的状况。公司章程失灵并且无法解决问题以及使公司出现停滞便成为对章程自治加以限制和干预的正当理由。
司法对公司章程自治的干预或者介入，也是对公司章程自治的修补，正是为了避免公司大股东的肆意控制以及小股东的“否决权”的滥用，以保护公司的合法利益以及各利益之间的最大平衡。
2、公司的社会性决定了司法介入的必要性
公司章程的自治加以限制，实质上也是为了维护公司制度的公平正义，能有效的在股东之间、股东与公司之间实践公正。司法介入体现了一定的社会公益的目的。公司作为一个独立的法人，具有一定的社会性，及其对公司以外主体的利益产生影响越来越大，公司的经营活动不仅关涉到股东利益，还影响到公司债权人、公司劳动者、其他利益第三人以及社会公众的利益。公司的这种社会性体现了一种经济秩序，而政府为了维护社会正常的经济秩序，有理由干预和约束公司在自治同时承担一定的社会责任，使公司与利益相关者之间实现一种和谐。
3、公司章程自治与司法介入并不矛盾
公司章程自治更多的是关注公司与股东之间的关系，公司相对于股东而言是一个独立的法律主体，能以自己的名义从事法律行为，且独立承担由该法律行为所产生的法律后果。因此，公司的主体资格获取是在现有法律的框架内获得的，也就是常说的公司是法律拟制人，其行为能力及权利能力都是法律所赋予的。那么，其内部的自理无论是何种程度的自治，都不能排除法律的介入，从而也不能排除司法的介入。另一方面，现代公司也是受到《公司法》的调整及规范，《公司法》是公司行为活动的基本法律，公司章程自治度再高，也不能违反法律法规的强制性规定。
