1.判断股东出资真实的难度加大
取消公司设立、增资时的验资及企业年检程序，出资形式及非货币财产的价值也交由发起人自行确定，在失去第三方的独立评估后，如何衡量股东出资义务的全面性及真实性？如果土地、房产、知识产权等非货币出资在公司成立后发生价值自然变动，能否依据事后价值评估认定股东出资不实或超额出资？
2.要求股东提前出资的依据不足
目前我国仅在《破产法》第三十五条规定了公司破产清算时，可以要求股东提前履行出资义务。但一方面，当前破产案件因为法院、社会、立法等多方面因素导致制度运行不尽理想；另一方面，债权人更希望追究股东出资责任实现个案全额清偿，而不是在耗时费力的破产程序中等待杯水车薪的概括受偿。认缴资本制下，在缺乏明确法律依据时，债权人能否要求股东打破公司章程约定、提前承担出资义务以实现债权？
3.转让股权时补足出资的责任难定
根据《公司法解释(三)》第十九条，债权人可以请求未履行或未全面履行出资义务转让股权的股东与受让方承担连带补充赔偿责任。但该条是关于瑕疵出资股权转让后出资责任承担的规定。修订后《公司法》允许股东自行约定缴纳期限，已按期缴纳但未全额缴纳的资本将为合法且常态化，若简单套用原资本制的要求认定法律允许甚至鼓励的“认而不缴”为瑕疵股权，将使得公司发起人在认缴限额及期限内始终承担补足出资义务，构成事实上的“终身保修责任”，这不但与原资本制下制裁违规出资、随意转让股权行为的立法初衷不符，也与本次修订赋权股东灵活出资经营、增强市场活力的理念相悖。过度强调对债权人的保护，又会损及股东的利益，从而走向另一个极端。
4.以资本显著不足否认公司人格的标准不明
公司人格否认制度源于英美法系，又称为揭开公司面纱，我国在2005年修订的《公司法》中引入该制度。在我国的司法实践中，常常将低于法定最低资本限额作为否认公司人格的重要事由，公司债权人可以据此要求股东对公司债务承担无限连带责任。当失去这一常用标尺时，公司债权人对资本显著不足的判断缺乏法定标准，使得本已困难重重的“人格否认之诉”更加难以适用。
