我国农村土地征用制度存在的弊端
(一)公共利益的范围模糊，导致土地征用权滥用
土地征用是国家或政府为了公益目的而抵偿取得非国有土地和个人土地的行为，行政征用权的行使仅限于公益目的，非公益目的需要用地，只能通过市场购买。虽然《宪法》第十条及《土地管理法》第二条均规定：国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征用。但却没有明确何为公共利益，如何确定公共利益。这就导致国家的土地征用权事实上不受限制的情况，造成权力滥用。据调查在我国现有的征地中80%以上的征地都是基于商业利益的需要而进行的而非公共利益，一些地方在片面追求经济发展和“政绩工程”的促使下，滥用土地，把大量的农用地转化为城市用地和工业用地，造成了土地资源的严重浪费。
(二)土地征用程序不规范、限制了农民的参与权
上文已述我国土地征用的程序，这些程序的规定仅是针对土地的保护，没有体现出对农民权利的保护。政府在征用农村土地的方案做出后，由县级以上政府予以公告并组织实施。从中我们可以看出在土地被征用的过程中农民和集体被剥夺了一切权利，完全处于任人宰割的地位，从土地征用的决定到争议的解决完全听任行政部门的命令，土地征用方案和安置方案均在批准之后才公告，这时农民不管有何理由，都不会影响征地方案的实施。[1] 另外，发生纠纷后，法院往往以征地补偿案件不属于民事案件为由不予受理，司法保护不能实现。现有的土地征用补偿法律法规没有规定对裁决不服的救济途径，《土地管理法》第十六条的规定主要是土地所有权和使用权的权属纠纷的救济途径，而不包括土地征用补偿纠纷的处理。根据现行《土地管理法》的规定，征用各方不能对征地补偿标准达成一致意见的，由征用部门裁定，而且该裁定为终局裁定，相对人不能向人民法院起诉。这种制度安排，给征用方以过大的权力，而被征用方连起码的司法救济权都没有。
(三)征用补偿范围和标准不合理
《土地管理法》规定的征用耕地的补偿费用只包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。而《土地管理法实施条例》又规定土地补偿费归农村集体经济组织所有;地上附着物及青苗补偿费才归地上附着物及青苗的所有者所有。对农民来说得到的补偿仅仅是土地补偿，安置补偿，地上附着物和青苗的补偿而对于邻接地补偿，残存地补偿，通损地的补偿均未列入补偿范围。而《土地管理法》规定的征用耕地的土地补偿费，为该耕地被征用前三年平均年产值的六至十倍。安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征用前三年平均年产值的四至六倍。其补偿标准计算的基准是农地的年产值，很不科学。年产值是农作物产量与价格的函数，其高低受所处地区的农业生产自然条件如光、温、水、土和社会经济条件如农产品价格、耕作制度、产业结构调整的影响，而与被征地的区位等地价因素无关。事实上土地补偿费的确定很大程度上与被征地所处的区位、区域经济发展状况及区域基础设施条件等紧密相关，而与土地年产值的关联性并不明显。这种标准导致法定的征地补偿标准较土地实际产出价值而言往往失真，而且法定的征地补偿标准游离于土地市场价格之外，这就决定在分配补偿时农民和集体不可能分享土地从被征用时的廉价到商业性用地所带来的巨大利润之间的差价。
(四)补偿收益主体不明确，补偿截留现象严重
我国相关法律规定农村的土地归农村集体成员共同所有，但到底谁是“集体”，相关立法却没有明确指出。自实行家庭联产承包责任制度后，农村土地归乡镇、村委、村民小组三级所有。法律在设定土地权属时，兼顾了这三者的地位。然而，现行的立法模式并没有为“集体”作出严格界定，对集体土地所有权主体的多元化和不确定性的规定，造成了集体土地所有权主体的虚位，导致了集体土地人人所有，却人人无权。在土地未被征用时这种潜在的权属不清问题一般不太引人注意，但是当面临分配补偿金的时候，潜在的问题就充分暴露出来。由于产权主体不明，往往造成各级政府、村委会以及集体经济组织相互争当所有权主体，或通过各种名义克扣征地款，导致真正的所有权主体不能享受应该享有的利益。
在实际分配征地补偿过程中，争议最多的是土地补偿费和安置补助费。首先是土地补偿费，据有关部门统计，如果土地出让成本价为100%，则农民只得5%-10%，村级集体经济组织得25%-30%，60%-70%为县、乡(镇)各级地方政府所得。[3] 其次是安置补助费的分配，安置补助费的目的主要是用来安置征地后剩余劳动力的，由安置单位享有，但由于劳动用工制度发生了很大的变化，许多企业难以胜任妥善安置劳动力的重任，因此许多地方均采取货币安置的方式。部分安置费用在没有使农民得到妥善的就业安置条件下应由农民个人所享有，但许多地方并未按照国家规定足额发放，甚至完全没有发放到农民手中，而是被层层的截留。
(五)补偿方式单一，安置责任不明确。我国农村土地征用补偿方式只有金钱补偿和劳动力安置两种方式。只在国土资源部《关于加强征地管理工作的通知》这一部门规章中规定了预留地和土地使用权入股补偿的方式。由于劳动用工制度发生了很大的变化，许多企业难以胜任妥善安置劳动力的重任，因此许多地方均采取货币安置的方式。单纯的金钱补偿无法使失地农民真正安置就业。农民失地后大量涌入城市，而农民由于缺乏技能和知识，无法在城市激烈的竞争环境中生存下去。待仅有的一点补偿金额用完后，失地农民就彻底失去了生存的依靠。此外，土地管理法没有明确规定哪个组织来负责对失地农民的安置。
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