小产权房买卖合同是无效的，按照国家的相关要求，小产权房不得确权发证，不受法律保护。
《中华人民共和国土地管理法》第六十三条：“农民集体所有的土地使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设;但是，符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外。”我国房地产管理法规定，房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权同时转让、抵押。也就是说我国对于房屋的转让实行的是房地一体主义，这是我国房地产交易中普遍遵循的法理。基于房地一体主义，小产权房的买卖必然会导致房屋所占用土地的使用权发生转移，而这与《中华人民共和国土地管理法》的规定是相违背的，《中华人民共和国合同法》第五十二条第五项规定：“违反法律、行政法规的强制性规定的，合同无效”。所以小产权房买卖合同因为违反法律的强制性规定而无效。
小产权房中有一部分是农户在自家宅基地上建房出卖，这自然就出现了宅基地使用权可否转让的问题。宅基地使用权是指农民以户为单位利用集体所有的土地，在规定的地点享有建筑用房、添置生活设施、在庭院种植树木、永久居住的权利。宅基地使用权的主体是该集体经济组织的成员，这是一个严格的身份限制，是基于集体经济组织成员的身份而享有的权利，而城镇居民显然不具备集体经济组织成员的身份，也就不能取得宅基地使用权，小产权房买卖合同因为标的无法履行而无效。
关于小产权房问题，国务院等国家有关部门出台过许多相关规定，比如1999年国务院办公厅发出的《关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》，原国家土地管理局[1990]国土函字第97号《关于以其他形式非法转让土地的具体应用问题请示的答复》，国土资源部发[2004]234号《关于加强农村宅基地管理的意见》，2004年10月21日国务院发布的《关于深化改革严格土地管理的决定》，2008年1月，国务院下发的《关于严格执行有关农村集体建设用地法律和政策的通知》等等，都规定了禁止城镇居民到农村购买小产权房、禁止城镇居民在农村购置宅基地。虽然这些文件都不是以法律、法规的形式出现，但它们代表了国家的政策导向，而且这些规定的出台致使小产权房无法办理房产证，房产无法实际转移。根据这些规定的精神可以看出，小产权房买卖合同应当是无效的。
1、无法取得房屋使用权；
2、不能办理房产证；
3、不能上市交易；
4、没有质量保证；
5、可能被强制拆除或没收。
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