1999年1月1日施行的《土地管理法实施条例》，在第26条中明确规定了土地补偿费归农村集体经济组织所有。从字面意义上理解土地补偿费是禁止在集体经济组织内部成员间进行分配。但在实施征地的实践过程中，被征地农民和农村集体经济组织对土地补偿费的使用、分配存在不同理解。有的地方禁止对土地补偿费进行分配，由集体经济组织掌管、使用，有的地方却将土地补偿费分配到了集体经济组织成员，因此也引发了众多纠纷。长期以来，土地补偿费能不能分配、如何使用的问题的争论一直伴随和影响着征地过程中土地补偿费分配纠纷案件的处理，直至《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》【国发(2004)28号文】(以下简称《28号文》)和《最高院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称《解释》)的出台，才在法律上完善了这方面的不足，土地补偿费分配的制度才逐渐明朗和日趋完善。
一、《28号文》的出台为土地补偿费的分配提供原则性的法律依据
《28号文》第十五项【加强对征地实施过程监管】中规定：征地补偿安置不落实的，不得强行使用被征土地。省、自治区、直辖市人民政府应当根据土地补偿费主要用于被征地农户的原则，制订土地补偿费在农村集体经济组织内部的分配办法。被征地的农村集体经济组织应当将征地补偿费用的收支和分配情况，向本集体经济组织成员公布，接受监督。农业、民政等部门要加强对农村集体经济组织内部征地补偿费用分配和使用的监督。
可见，在《28号文》这一行政法规中明确了土地补偿费是可以分配的，而且还强调了省级政府在制订土地补偿费在农村集体经济组织内部分配办法要遵循土地补偿费主要用于被征地农户的原则。目前，众多省份制定出了地方的土地补偿费分配办法，为土地补偿费的分配提供具体的、有操作性的法律依据。
二、《解释》的出台为土地补偿费的分配提供了司法依据
2005年7月29日，最高院在关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释正式出台，并于2005年9月1日生效。《解释》第二十四条明确规定：农村集体经济组织或者村民委员会、村民小组，可以依照法律规定的民主议定程序，决定在本集体经济组织内部分配已经收到的土地补偿费。征地补偿安置方案确定时已经具有本集体经济组织成员资格的人，请求支付相应份额的，应予支持。但已报全国人大常委会、国务院备案的地方性法规、自治条例和单行条例、地方政府规章对土地补偿费在农村集体经济组织内部的分配办法另有规定的除外。
《解释》第24条在土地补偿费的分配上有三层涵义：
1.明确规定了土地补偿费如何分配
首先，分配的主体是农村集体经济组织或村委会、村民小组。即集体土地所有权人。其次，被征土地所有权人在分配土地补偿费时应遵循民主议定程序。
2.明确规定了土地补偿费的分配对象
《解释》第24条明确规定可以获得土地补偿费分配的对象为征地补偿安置方案确定时已经具有本集体经济组织成员资格的人。
3.集体土地所有权人依法定民主议定程序决定土地补偿费分配的例外
如果当地已出台地方性法规、自治条例和单行条例、地方政府规章并对关于土地补偿费在农村集体经济组织内部的分配办法另有规定，与集体土地所有权人依法定民主议定程序所决定的土地补偿费分配方法不一致而且已报全国人大常委会、国务院备案的，那么，被征集体土地的所有权人就只能依据法律规定的办法进行土地补偿费的分配。
