1、建设工程勘察合同纠纷。建设工程勘察合同是指承包人接受发包人的委托，完成建设工程地理、地质等情况的调查研究工作，发包人支付相应价款的合同。所谓工程勘察，是指为工程建设的规划、设计、施工、运营及综合治理等，对地形、地质及水文等要素进行测绘、勘探、测试以及综合评定，并提供可行性评价与建设所需的勘察成果资料，以及进行岩土工程勘察、设计、处理、监测的活动。在司法实践中，建设工程勘察合同纠纷案件较为少见，一般由发包人以勘察成果不符合发包人的要求为由拒付勘察费而引起。
2、建设工程设计合同纠纷。建设工程设计合同是指承包人接受发包人的委托，完成建设工程设计工作，发包人支付相应价款的合同。所谓工程设计，是指运用工程技术理论及技术经济方法，按照现行技术标准，对新建、扩建、改建项目的工艺、土建、公用工程、环境工程等进行综合性设计，包括必须的非标准设备设计及经济技术分析，并提供作为建设依据的文件和图纸的活动。与勘察工作相同，设计工作也是一项专业性很强的工作，因而我国法律对于设计单位、设计人员也规定了严格的条件，即《建筑法》第12条、第13条的规定和建设部《建设工程勘察设计企业资质管理规定》。
3、建设工程施工合同纠纷。建设工程施工合同是指承包人接受发包人的委托，完成建设工程施工任务，发包人支付相应价款的合同。工程施工包括土建施工和装饰施工两种形式，与之相对应，建设工程施工合同一般也包括土建工程施工合同和装饰工程施工合同两种形式。由于建设工程质量涉及社会公共安全，因此国家对建筑施工企业格外注重监督管理，以保证建筑工程质量，防止工程质量问题。建设部颁布的《建筑业企业资质管理规定》中规定，建筑业企业应当按照其拥有的注册资本、净资产、专业技术人员、技术装备和已完成的建筑工程业绩等资质条件申请资质，经审查合格、取得相应等级的资质证书后，方可在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。建筑业企业的资质等级可以根据各种具体情况进行升级或降级。在司法实践中，建设工程施工合同纠纷案件最为常见，诉因一般为发包人拖欠工程款、承包人建设工程质量有缺陷、承包人逾期竣工等。
4、建设工程监理合同纠纷。建设工程监理合同是指具有建筑工程监理资质的监理单位受工程项目建设方的委托，对建设工程进行监理服务，建设方向监理单位支付报酬的协议。所谓建设工程监理，是指监理单位接受工程项目建设方的委托，依据国家批准的工程项目建设文件、工程建设的相关法律法规和工程建设合同，对建设工程施工质量、建设工期、建设资金使用等进行的监督和管理，以保证工程建设项目能够最科学、最合理地实现合同目的。对于某些国家投资的、大型的建筑工程，国务院规定实行强制监理;除此以外的其他建设工程，建设方可以选择自行监理或委托具有相应资质的监理单位进行工程监理。建设工程监理也是一项专业技术要求非常高的工作，因此国家对监理单位和监理人员实施严格的资格管理制度。
工程量一般指的是由于变更签证引起的工程量增加。理论上应该是先由承包方做书面变更签证申请，经建设单位审批后再施工。土建工程的工程量争议主要是合同生效后增加的工程量及对隐蔽工程的工程量清单未做三方确认，仅凭承包方施工日记进行结算，发包方提出异议。安装工程的工程量争议，主要表现在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。
建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，经发包方审核达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程“竣工”。“竣工”在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告。发包方就以“决算不成熟”为由拒付工程款。
无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，因此，引起结算纠纷是很常见。
激烈的市场经济条件下，社会分工越来越细，一个大型建设工程很难由单一的总承包商完成，而且有些劳务作业需要大量的人力，也无法由总承包公司独立完成。因此，总承包单位承揽建设项目后经建设单位同意，一般都会将其中的专业工程和劳务作业分包相应的分包单位。如果发包方就全额工程款结算完毕，则发生结算争议的可能性较小，如果发包方只进行部分结算，则很容易酿成总承包单位与分包单位的争议。而且总承包单位与分包单位之间除工程款结算外，还存在着管理费之争。如果建设单位参与指定或者暗示分包单位，则引起的工程款结算纠纷会更复杂。这类纠纷在建设工程领域比较普遍。
建设工程款绝大部分都是分期付款，建设工程的成本核算需要工程竣工后才能进行。因此，少数私有企业发包方在分期付款时可能会忽视立即索取工程款发票。而某些承包方，特别是挂靠性质的临时施工队，为偷逃税收有时以未收到全额工程款为由，拒绝开具税收发票。当全额发票应付的税款超过剩余工程款时，这种纠纷发生的可能性更大。
建设工程竣工移交后，承包人按照合同要求应在一年内进行保修。为了保证承包方履行保修义务，发包方一般在合同中约定工程款支付95%工程款后，余下5%工程款留待一年保修期满后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5%工程款的银行保函加以保证。5%尾款争议的原因在于承包人是否能在保修期内适当履行保修义务。
这方面的争议在建设工程领域有一定的代表性。实力雄厚的建设工程发包方利用其在签约中所处的优势地位，就同建设工程除与承包人公开签订建设工程施工合同外，又强迫承包人签订另一份包括工程价款、工期等方面内容与合同不一致且有利于发包方的建设工程施工合同，即所谓“阴合同”。进入结算阶段时，两份相矛盾的合同究竟谁是结算标准成为争议焦点。根据合同法原理，应该认定后一份合同为标准(因为时间在后)，按照招投标法，应该认定前一份合同为标准(因为该合同是公平竞争的招投标结果)。
1、严格招投标和承发包程序，优选施工单位，严格控制工程分包和转包。
2、建设前期加强立项管理，打足投资，保证归口使用资金80%以上存入银行，专款专用。
3、加强合同和信息管理，签定协议尽量采用规范的合同示范文本，对附加条款要仔细推敲，咨询有关专家，请专家给予指导。
4、严格进行工程变更把关，严禁通过设计变更扩大建设规模，增加工程内容，提高建设标准，对必须变更的，应先做工程量和造价增减分析。
5、加强隐蔽工程的检查验收，完善隐蔽工程现场签证手续。
6、及时解决工程中的索赔问题。
7、结算时，力争不漏算，不错套定额，不乱取费，并委托具有资质的造价咨询机构进行结算、委托资深望重的造价工程师主持结算工作。
8、进一步规范业主、承包商、政府行政管理部门的行为，不瞎指挥。
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