建设工程垫资并不是天然就有效的，《关于严禁禁止在工程建设中带资承包的通知》等文件认为垫资是企业间非法拆借资金的行为而明令禁止。但《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条从侧面有效化了垫资行为，第六条全文如下：当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，应予支持，但是约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。
当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。
即：垫资行为并不违法，可以约定利息但不得高于银行同期贷款利率（不约定则无）；如没有明确约定为垫资的，则按工程欠款处理。
第一、违法分包、非法转包挂靠等造成合同无效时，工程价款的处理办法
1、如果建筑工程质量合格，可以参照合同约定的结算工程价款进行结算。
2、如果建筑工程经竣工验收不合格，分两种情况处理：
（1）可以修复的，修复后经竣工验收合格，应由承包方承担修复费用；
（2）修复后不合格的，将不支付承包人的工程价款。
3、如果发包人对建筑工程有过错，也应承担相应责任，如：提供设计不合理，提供或指定购买的材料不符合强制标准，直接指定分包人分包专业工程等。
第二、承包人非法转包、违法分包或没有资质的实际施工人借用资质签订的合同无效
法院可以收缴当事人已经取得的非法所得。这里的非法所得包括：挂靠费、转包费、分包费、手续费、管理费、施工人的毛利等。
第三、关于建筑工程施工合同的效力问题
《解释》规定了五种无效的情形：
1、承包人未取得资质或超越资质等级；
2、没有资质而借用资质；
3、必须招标而未招标或招标无效的；
4、非法转包；
5、违法分包。
另外还有《民法通则》和《合同法》等基本法律规定的合同无效的情形。
第四、“阴阳合同”问题
在建筑工程招标中，有的当事人为获取不正当利益，在签订中标合同前后，往往就同一工程再签订一份或多份与中标合同的工程价款等主要内容不一致的合同。《解释》第21条明确规定应当以“阳合同”及备案的中标合同作为结算的工程价款依据。因为法律、行政法规规定中标合同的变更须经过法定的程序等等。
工程款按支付阶段不同通常可分为预付款、进度款、竣工结算款和质保金。
1、预付款。预付款指开工前发包人应预付给承包人用于为合同工程施工准备的款项。施工准备事项包括购置材料、工程设备、施工设备、修建临时设施以及组织施工队伍进场等。预付款比例一般不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%。
2、进度款。进度款指施工期间发包人根据工程完成情况应支付给承包人的一种工程价款。
3、结算款。结算款，即竣工结算款，指工程竣工结算后发包人应该支付给承包人的除质保金外的剩余工程价款。竣工结算款等于竣工结算价减去质保金和已付款后的金额。竣工结算款支付的前提条件是工程竣工验收合格。
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