在建工程转让成本包括各种应缴税金、评估审计费用、各种变更登记费用、中介机构费用等，其中税金为成本的主要部分。转让涉及的税种包括：营业税、城市维护建设税、教育费附加、契税、土地增值税、企业所得税、印花税等。
在资产转让模式中，出让方应当缴纳的税款主要包括：营业税(按营业额的5%计征)、城市维护建设税(按营业税额的7%计征)、教育费附加(按营业税额的3%计征)、企业所得税(按所得额的25%计征)、土地增值税、印花税(按合同记载金额的万分之五计征)等。受让方应当缴纳的税款主要包括：印花税(按合同记载金额的万分之五计征)、契税(按出让价格的3%～5%计征)，同时还有相关变更登记的手续费用。
实践中，在建工程转让涉及税款金额最大的往往是土地增值税。该税种以转让房地产取得的收入减除法定扣除项目金额后的增值额作为计税依据，并按照四级超率累进税率进行征收。增值额未超过扣除项目金额50%，税额为增值额的30%；增值额超过扣除项目金额50%未超过100%，为增值额的40%-扣除项目金额×5%；增值额超过扣除项目金额100%未超过200%，为增值额×50%-扣除项目金额×15%；增值额超过扣除项目金额200%，为增值额×60%-扣除项目金额×35%(5%、15%、35%为速算扣除系数)。
根据《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》(财税[2002]191号)，自2003年1月1日起，以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税；对股权转让不征收营业税，即通过股权转让方式出让方可以免缴营业税，也包括以营业税为计税依据的城市维护建设税和教育费附加。同时，因为股权转让没有涉及房地产过户，与房地产转让税收无关，不但可以避免出让方缴纳土地增值税，还可以使受让方避免缴纳契税。
因此，从单纯从税种上考虑，股权转让模式较之比资产转让，转受让双方需要承担的税额较小。
此外，应当注意到，当有关房地产开放项目进入销售阶段时，之前转让评估的价值增值即成为税收意义上的企业所得，即需要为此缴纳土地增值税和所得税。因此，通过股权转让取得项目公司股权的受让方，最终将为该土地使用权及房屋增值承担相应的纳税义务，这应当在设计交易模式时予以考虑。
