工程索赔的基本程序包含提出索赔要求、报送索赔资料和索赔报告、协商解决索赔问题、调解、诉讼。
当出现索赔事项时，索赔方应在索赔事项发生后的28天内以书面信件正式发出索赔通知书，声明索赔权利。如果逾期再报，其索赔要求可能遭到拒绝。
在正式提出索赔要求以后，索赔方应抓紧时间准备索赔资料，编写索赔报告，并在下一个28天以内正式提交索赔报告。如果索赔事项的影响是持续存在的，事态还在发展，则每隔28天报送一次补充资料。最后在索赔事项结束后的28天以内报送最终索赔报告，提出具体的索赔款额或工期延长天数。
协商是指合同双方在自愿、互让互谅的基础上，按照工程项目的合同文件，通过友好谈判解决工程中产生的索赔问题，因此也被称为协商谈判。
当双方不能通过友好协商解决索赔问题时，可以按照施工合同专用条款的规定，请有关部门进行调解。调解人可以是双方都信耐的个人(工程技术专家、律师、估价师等)，也可以是一个专门的组织(工程咨询或监理公司、工程管理公司、索赔争端评审组、合同争端评委会等等)，调解人按照政策、法规及施工合同的规定，在划分各方责任的基础上提出解决方案。如果双方同意调解方案并签字，那么调解完成。
在双方和解不成，又没有仲裁协议的情况下，一方的当事人可以向有管辖权的法院提起诉讼。但是由于司法解决在当事人不服的情况下，可以再向上级法院提起上诉，这可能使索赔问题长期得不到解决，陷入旷日持久的诉讼中，花费大量的诉讼费用和时间。因此当出现索赔问题时，应尽量避免通过诉讼解决。
1、工地例会等（地盘）会议记录和有关工程的来往信件，都必须全部保存妥当，直到合同全部履行完毕、所有索赔项目获得解决为止。
2、各种施工进度表，包括业主代表和分包编制的进度表。
3、施工备忘录（日记），在施工中发生影响工期和索赔有关的事项，都要及时做好记录，按年月日顺序号存档，以便查找。
4、做好建筑师和工程师的口头指示记录，及时以书面形式报告建筑师予以承认，将他们的书面指示按年月日顺序编号存档。
5、工程照片需有专人管理，照片都应标明拍摄的日期，最好购买带有日期的相机，将照片按工程进度整理编排。
6、收集记录每天的气象报告和实际气候情况。
7、整理保存工人和雇员的工资与薪金单据、材料物资购买单据，按年月日编号归档。
8、完整的工程会计资料，包括工卡，人工分配表、注销工资薪金支票、材料购买定贷单、收讫发票、收款票据、帐目及有关图表、财务信件、经会计师核证的财务决算表等。
9、所有的合同标书文件、合约图纸、修改增加图纸、计划工程进度表、人工日报表、材料设备进场报表及帐单（工程付款单）等需归类保存入档。
10、工程施工过程中的影像记录。
1、单项索赔：单项索赔就是采取一事一索赔的方式，即在每一件索赔事项发生后，报送索赔通知书，编报索赔报告书，要求单项解决支付，不与其他的索赔事项混在一起。
2、综合索赔：综合索赔又称总索赔，俗称一揽子索赔。即对整个工程（或某项工程）中所发生的数起索赔事项，综合在一起进行索赔。也是总成本索赔，它是对整个工程（或某项目工程）的实际总成本与原预算成本之差额提出索赔。
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