城市基础设施项目建设中的工程款结算，一般情况下都按国家有关规定执行，甲方、乙方若有问题都有法可依、有据可循，矛盾并不突出。但现实过程中由于一些有受人们主观意志所控的因素出现，仍有不少问题产生并困扰着甲、乙双方在工程款上的结算。
主要表现在以下两方面：
(一)国家政策有变客观上使工程款结算不能正常进行
任何一个国家、一个地区、一个部门在制定政策时，必然是着眼于长远利益，着眼于宏观和全局，政策一旦制定也不会朝令夕改，但这并不意嚅着执行过程中没有局部的修正和改动，特别是牵涉到一些重大突发事件，政策的变化往往也是很大的。若一年来国家在固定资产投资方面上的宏观调控，就与前几年的经济政策非常不同; 又若美国联邦银行对美元的加息，也是从美国经济的实际情况出发。这些政策上的变动反映在项目建设中——特别是城市基础设施项目，就是建材价格的上升或下浮，对工程总投资及建设工期的影响都是很大的，特别是近年来项目概算中剔除材差因素后，一旦材料价格突破原招投标报价时，乙方很难承受，甲方也不便处理。受制于招标中“公开、公平、公正”的原则，不能随意变动报价，由此影响到项目工程款的正常结算。
(二)项目不能按时建设客观上影响工程款的正常结算
项目不能按时、按进度正常建设会有多种原因，除了国家宏观政策上的变动外，实际建设中由于前期规划设计变更、动迁不能及时跟上，以及建材、设备等供应滞后，甚至发生施工中意想不到的事故时，都会影响到项目的正常建设，而一旦工期有拖延必然会影响到工程款上的结算，特别是城市基础设施项目的建设，由于涉及面广、变化因素多，往往在规划、设计、运迁中有重大变更，直接增加或减少项目投资，进而影响甲、乙方的工程量结算这种情况是屡见不鲜的，客观上造成项目建设在工程款的结算时，不能按原先招投标时的报价结算。
除了上述两大原因外，在城市基础设施项目工程款结算中还有其他一些原因，若项目竣工时有关部门对决算的最后审定及审核，甲方或乙方在日常建设中对工程款支付的垫或滞付，都涉及到工程款的最终结算。为此，甲、乙双方要本着对国家利益、企业利益负责的原则，在不违背有关法律、制度的前提下友好协商解决。比如针对建材上涨后的补差处理，甲方不应以项目是招投标为由，完全不考虑国家宏观控因素置乙方利益不顾;乙方也不能一味将建材上涨后的所有费用都希望甲方承担下来，这中间确实要找到一个双方都能接受的平衡点。即使乙方不受重大损失能继续维护信誉施工下去，也使甲方能在一个可承受的合理补偿范围内酌补偿。因为无论如何，甲、乙双方的目标是一致的，是要早日建成项目并使它发挥作用，发挥效益。
有了上述共识，相信会有许多办法去解决项目建设中的工程款结算方面的问题。只要互有诚意，确定一个合时时段，谈扰一个双方可承受的合理范围，再寻找一家双方依赖的第三方来做差异数的最终裁定，许多矛盾和问题都会圆满解决。
