(一)立案
工程合同纠纷在立案阶段，需要审查的除了《民事诉讼法》上规定的立案条件外，就案由、管辖等方面需要特别重视和加强审查。
合同立案的审查主要包括两个方面，审查案由和审查管辖。
1、审查案由
实践中，大量建设工程施工合同纠纷是以其他类型合同形式出现。例如，名为合作建房实为建设工程施工合同的纠纷;名为房屋买卖实为建设工程施工合同的纠纷;名为建设工程施工合同而实为合资合作开发房地产合同纠纷。因此不仅要审查基础合同的形式，还要对基础合同的内容进行基本审查。
2、审查管辖
根据最高人民法院司法解释的规定，建设工程施工合同不再如一般不动产案件适用专属管辖规定，而是适用一般合同地域管辖，即由被告住所地或合同履行地法院管辖。
在建设工程施工合同中，合同履行地就是施工行为地，一般是施工合同项下建筑物所在地。以合同履行地作为管辖地符合便于人民法院审理和便于人民群众诉讼的“两便原则”。但需要注意的是，作为一般合同地域管辖，当事人还可以在书面合同中协议选择由合同订立地、原告所在地、标的物所在地人民法院管辖。
(二)诉讼前的准备
首先，在庭前准备程序中，除进行证据交换和对证据初步质证工作外，通常需要进行司法鉴定工作。
一般有以下几种情况：对工程造价进行审核;对延误工期造成的损失进行审核;对已付工程款、垫付材料款等财务凭证进行审核;对相关有争议的签证、结算材料印鉴或签名真实性进行审核;对工程质量进行鉴定并设计修复方案以及对修复方案所需费用作出预算等。
在建设工程施工合同案件的审理过程中，司法鉴定几乎涵盖了所有的鉴定内容。因此在庭前准备阶段，对当事人是否在举证期限内提出鉴定申请、是否予以准许、当事人未提出申请是否需要证据释明等问题均需要认真审查，并根据实际情况作出处理。
其次，在庭前准备中须注意被告的反诉与抗辩问题。
在建设工程施工合同案件审理过程中，经常发生被告将反诉内容作为答辩意见提出，要求直接在本诉中抵扣的情况。针对这种情况，法官应当准确判断上述主张属于抗辩还是属于反诉，并根据个案情况分别作出释明。
在作这类型的判断中，势必对基础合同条款进行详细审查，而不能简单地进行判断。如在建设工程施工合同案件中，最常见的情形是，承包人向发包人主张工程欠款，而发包人以承包人逾期竣工或工程存在质量问题要求承包人承担违约赔偿责任。此类答辩意见，一般认为属于反诉请求。但有些施工合同条款中约定了上述违约责任应当在工程款结算中直接抵扣，或原告同意在本诉中根据双方合同的约定直接结算抵扣，对此类情形，法官也可以在本诉中一并处理，而不必要求被告提起反诉。
(三)审理
在建设工程施工合同案件庭审中，一般除了对合同条款、履行情况进行庭审调查外，对以下几个方面也需要进行具体审查：
1、对建设工程施工项目相关手续的审查。
建设工程施工既是发包人与承包人之间的合同关系，同时因建设工程施工合同标的的特殊性，行政主管机关对建设工程施工项目也有相应的管理职责。
2、对建设工程施工合同履行过程的审查。
工程施工合同履行期间比较长，少则一两个月，长则一两年，甚至有些施工工程由于资金、技术等方面的原因，可能断断续续施工建设多年才完工。在施工过程中，承包人和发包人之间的联系、产生纠纷、解决纠纷的情况可以说是经常发生的。也许在这些问题产生之际，双方尚未发展到需要对簿公堂的地步，通过协商可能当时就可以解决问题或者因双方达成谅解而对问题予以忽略。
但是，一旦承、发包人之间产生诉讼，可能这些以前积累下来的小问题都会被作为对方违约的事实、理由而提出。这就需要法官全面审查合同履行经过，从而正确判断案件的诉因，找到纠纷发生的导火线。通过对合同履行过程的全面审查，还能够对造价、付款、工期、质量等案件关键事实有一个全面了解。
3、对司法鉴定结论一般需要在庭审中进行质证，充分听取双方当事人的质证意见。
在建设工程施工合同纠纷中，有时会涉及工程审价、工程款审核、审计等司法鉴定内容。这些鉴定内容，从性质上属于当事人提供的证据材料，但从内容上却是确定案件基本事实，特别是存在争议的事实的主要依据。一般而言，双方对工程造价有争议的，最终裁判结果在很大程度上由工程审价结论决定。
而承包人主张因发包人原因导致其停工、窝工损失的，无论是停工、窝工的天数还是停工、窝工具体损失的数额，除非合同有特别约定，一般也是由工期审价结论来作出确定。正是由于司法鉴定结论对案件最终结果具有举足轻重的作用，因此对鉴定结论应当在庭审中进行正式的质证，由鉴定人对双方当事人的质证意见发表专业意见，从而使得法官(合议庭)对鉴定结论是否足以成为定案证据作出正确判断。
