所谓设有抵押权的房屋，是指房屋所有人以其所有的房屋作为抵押标的物，向抵押权人设定抵押。根据《担保法》第四十九条、第五十一条，最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国担保法〉若干问题的解释》第八十条，《城市房地产抵押管理办法》以及《物权法》的相关规定，结合征收实际，对设有抵押权的房屋进行征收时，应当按以下程序进行补偿和安置：
首先要认定抵押的效力，并及时通知抵押权人。抵押标的物的灭失，将直接影响抵押人的利益，因此，征收人一旦发现被征收范围内的房屋有己设立抵押的，应当将征收的情况及该房屋的补偿安置情况及时通知抵押权人；
对采取产权调换方式进行征收补偿的，应当由抵押权人和抵押人（即被征收房屋的所有人）就抵押人新换得的房屋重新签订房屋抵押协议；采取货币补偿方式进行征收补偿的，由于货币补偿是一种买卖的房屋变价，是一种征收人支付现金补偿后注销房屋产权的方法，必然导致抵押标的物的灭失，影响抵押权人的合法利益。为保证以房屋担保的债权债务关系不受房屋征收的影响，保护抵押权人的合法利益，抵押权人可以行使代位求偿权，将抵押房产的征收补偿款或提前清偿债务，或提存。当然，也可以由抵押人在房屋征收之前与抵押权人以别的标的物重新设立抵押权，建立新的抵押关系，或者由抵押人清偿债务，结束抵押关系。
第二条 为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（以下称被征收人）给予公平补偿。
第一百七十四条 担保期间，担保财产毁损、灭失或者被征收等，担保物权人可以就获得的保险金、赔偿金或者补偿金等优先受偿。被担保债权的履行期未届满的，也可以提存该保险金、赔偿金或者补偿金等。
第三十八条 因国家建设需要，将已设定抵押权的房地产列入拆迁范围的，抵押人应当及时书面通知抵押权人；抵押双方可以重新设定抵押房地产，也可以依法清理债权债务，解除抵押合同。
1、抵押权其基本的法律意义在于，为债权人在其原有的债权请求权之外又增加了一项物权请求权，债权人依据其债权，可以向债务人提出履行义务的请求权，这就是债权人的债权请求权;而设立抵押权，又给债权人增加了一项请求项，即支配设置抵押的标的物、并从对抵押标的的买价中优先实现其权利的物权请求权。
2、这样，债权人享有双重请求权，其债权的实现就有了可靠的保障。抵押权是担保物权的最理想形态，因为债务人就抵押标的物有占有权及利用权，得以其收益充作债务之清偿资金，而抵押权人无须自己直接为抵押物利用之不便，而得依其价值之担保，促进债务人履行债务，企业可以其设备作担保(财团抵押)，从而融通资金，抵押权人也可作利息的形式参与企业利润分配，诱导企业投资。
3、鉴于抵押权的重要性，各国担保法律均对抵押担保制度作了较为详尽的规定，其中对抵押权人利益保护的规定更是重中之重。那么，何为对抵押权人利益的保护呢?我们认为，对抵押权人利益的保护分为两种情况而言。
(1)既然抵押权为物权，那么抵押权人为了自身利益的需要，可积极行使法律赋予其的各项权能，为最终债权的实现为各种行为，比如，抵押权人已着手实现抵押权时，可收取抵押物的孳息。
(2)抵押权人在抵押权受到侵害时，依照法律规定的方式恢复抵押权的完满状态，或者说是使得抵押权人可以行使的权利恢复至圆满状态。所以，我们试图从上述两个方面来阐析如何对抵押权人的利益予以有效保护，进而促进融资，加速民事流转，保护交易的安全。
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