实行土地用途管制制度，强化耕地保护措施，保障土地资源合理的开发利用。
耕地保护是新《土地管理法》的重点。
耕地保护的实质在于预防耕地减少和退化，防止对耕地造成污染、破坏和损害，以有效地提高和改善土地的自然经济条件，促进土地对社会经济可持续发展的支撑作用。当前，我国土地利用的结构和布局基本是合理的，但土地利用、土地供需矛盾尖锐，人均耕地面积不断下降，耕地承载力已接近极限;土地利用尚不充足，土地退化、损毁和质量下降问题突出。(注：黄仲权等编著：《土地管理法》手册，华南理工大学出版社1989年12月版，第95页。)因此，切实保护耕地已成为当务之急。新《土地管理法》确立了“国家保护耕地，严格控制耕地转为非耕地”的法律原则，并明确规定耕地的特殊保护等相应的措施。
1、国家实行基本农田保护制度。依照新《土地管理法》， 下列耕地应当根据土地利用总体规划列入基本农田保护区，严格管理：
(一)经国务院有关主管部门或者省级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油生产基地内的耕地;
(二)有良好的水利与水利保护设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田;
(三)疏菜生产基地;
(四)农业科研、教学试验田;
(五)国务院规定划入基本农田保护区的其它耕地。
国家对划入基本农田保护区的耕地实行特殊保护，基本农田及其以外耕地超过35公顷的，因公共设施建设需要征用，也必须由国务院批准禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石和取土等;禁止占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。
2、禁止闲置、荒芜耕地，提高土地利用质量。 已办理土地审批手续的非农业建设占用耕地，一年内不用而又可以耕种收获的，应当由原耕种该幅耕地的集体或者个人恢复耕种，也可以由用地单位组织耕种;一年以上未动工建设的，应缴纳土地闲置费;连续两年未使用的，经原批准机关批准，由县级以上人民政府无偿收回用地单位的土地使用权，并交由原农村集体经济组织恢复耕种。承包经营耕地的单位或个人连续两年弃耕抛荒的，原发包单位应当终止承包合同，收回发包的耕地。
3、国家实行占用耕地补偿制度。非农业建设经批准占用耕地的，按照“占多少，垦多少”的原则，由占用耕地的单位或个人负责开恳与所占耕地的数量和质量相当的耕地;没有条件开恳或开垦的耕地不符合要求的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开恳费，专款用于开恳新的耕地。因此，现金补偿不得以现金替代应开恳的耕地，借以稳定耕地的保有量。省、自治区、直辖市人民政府应当严格执行土地利用总体规划的土地年度利用计划，采取措施，确保本行政区域内耕地总量不减少;耕地总量减少的，由国务院责令其在规定期限内组织开恳与所减少耕地的数量与质量相当的耕地。
4、加强未用地管理，防止水土流失。 水土流失是我国土地资源保护所面临的一个严重问题。水土流失不仅直接减少现有的土壤面积，而且还能使土地地质退化，土地生产能力衰退。因此，新《土地管理法》在对耕地特殊保护的同时，对未利用地的开发也作了相应的规范。从总体上看，国家鼓励单位或个人按照土地利用总体规划，在保护和改善生态环境，防止水土流失和土地荒漠化的前提下，开发未利用土地;开发未利用的土地如果适宜农用地的，应当优先开发成农用地。但是，开恳利用地必须经过科学论证和评估，在土地利用总体规划的可开恳耕地，禁止围湖造田和侵占江潭滩地。根据土地利用总体规划，对破坏生态环境开恳，围垦的土地，要有计划、有步聚地退耕还林、还湖、还牧。
实行土地用途管制是我国土地资源管理的新举措。新《土地管理法《第4条规定：“国家实行土地用途管制制度。”这是根据我国人口多，耕地少，土地资源承载能力已接近极限的基本国情而确立的法律原则。我国过去土地管理法虽然也规定各级人民政府必须贯彻执行十分珍惜和合理利用土地的方针，但因具体措施不力，保护手段落后，乱占滥用土地，掠夺式使用耕地的现象仍在继续蔓延，土地资源衰退现象十分严重。
新《土地管理法》将土地按用途划分为农用地、建设用地和未利用地，并明确界定其法律概念。根据新《土地管理法》规定，县级土地利用总体规划应当划分土地利用区，明确土地用途;乡镇人民政府编制土地利用总体规划应根据土地使用条件，确定每一块土地的用途，并予以公告。国家对土地用途实行建设用地总量和耕地保有量控制指标管制，严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护。使用土地的单位或个人必须严格按照土地利用总体规划确定的土地用途使用土地;未经批准，不得改变土地总体规划确定的土地用途。
