目前，虽说我国涉及农村集体土地的性质与使用权流转有关的法律主要有《宪法》、《民法》、《村民委员会组织法》以及一部专门的《土地管理法》，但是这些有关农村集体土地流转的法律规定仍存在很多问题。
(一)农村集体土地流转的有关规定我国法律对农村集体土地流转的有关规定一直是十分谨慎和有保留的。1982年的《宪法》第10条严格规定“任何组织或者个人不得侵占、买卖、出租或者以其他形式非法转让土地”。直到1980年代末，对土地流转的法律控制才开始松动。
1988年修改的《宪法》规定“土地使用权可以依照法律规定转让”，而同年修改的《土地管理法》第2条也规定“国有土地和集体所有的土地的使用权可以依法转让。土地使用权的转让办法，由国务院另行规定”。
当然，此后随着国有土地流转办法的出台，国有土地市场在全国各地取得快速有序的发展，对城市国有土地资源的配置发挥了重要的作用。但是，有关农村集体非农建设用地的流转办法和法规一直没有出台。我国新修订的《土地管理法》第43条规定，“任何单位和个人进行建设需要使用土地的，都必须依法申请使用国有土地。但本集体经济组织成员使用本集体经济组织土地办企业或建住房除外”。同时，该法第63条规定：“集体土地使用权不得出让、转让或出租用于非农业建设。但是，符合土地利用总体规划，并依法取得建设土地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外”。
由此可见，我国目前的法律对农村非农建设用地的流转限制是比较严格的。事实上，集体经济组织内部成员虽可以使用本集体土地兴办企业或建住房，却不允许出让、转让或出租，这意味着农村非农业建设用地在法律上是禁止流转的。至于因破产、兼并等情形致使土地使用权流转虽被法律许可，但也由于缺乏具有可操作性的具体规定，如对于流转的方式与程序、流转期限与对象以及流转后土地产权关系的调整等均缺乏明确规定，实际上或者无法公开正常进行、或者以违法私自转让等方式交易。结果，自发、私下的农村非农建设用地的流转，直接造成土地利用的混乱，对土地利用总体规划和城市规划的实施都产生了较大的冲击，使得城乡建设用地总量难以有效控制。
(二)农村集体土地性质的有关规定1999年修订的《宪法》第10条和1986年的《土地管理法》第6条都明确规定“农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国有的以外，属集体所有;宅基地、自留地和自留山也属于集体所有。”
至于哪一级和哪一个组织机构代表农村集体拥有土地的所有权，《土地管理法》第10条则继续规定“已经属于乡镇农民集体经济组织所有的，由乡镇农民集体经济组织经营、管理。”同时，我国的《民法通则》第74条也有类似的规定，“集体所有的土地依照法律属于村农民集体所有，由村农业合作社等农村集体经济组织或村民委员会经营、管理。已经属于乡镇农民集体经济组织所有的，可以属于乡镇农民集体所有”。根据有关的调研(国土资源部，2001)指出，乡镇、村民小组农民集体拥有的土地多数在实地均有明确的界限和范围，而且其面积比例一般为1∶9∶90.似乎农村集体土地的性质与所有权主体并不存在所谓“模糊”之类的问题。但是，在实际进行农村土地流转的许多案例中，土地产权归属的纠纷的确严重。
例如上海郊区某乡兴办私营开发区，占用一个村500亩地。当时乡镇政府与该村委会商定，每亩每年补贴800元，补贴时间为8年。现在补贴期满，乡政府停止补贴。但这500亩原属村集体所有的土地现在的权属应该归谁?如果按“既成事实”，“已经属于乡镇农民集体经济组织所有的，可以属于乡镇农民集体所有”，那么，显然是乡镇政府使用行政权侵占土地所有权，随意上收村级或下级的土地所有权，即使乡镇政府已对村委会支付了一定补贴。
如果承认现在土地的所有权属于村委会，应该如何确定村对土地的收益权?当然，产生纠纷的原因可能更为复杂，当初乡镇政府与村委会的协商是否经过大多数村民的同意?从而该协商是否具有法律效力?该协商是否规定了8年政府补贴之后土地所有权的处置等问题?
类似的问题还有乡镇政府兴办乡镇企业需占用集体所有的土地，经依法批准后，占用某个村民小组的土地，该村民小组的土地使用权已转移到新兴办的乡镇企业。那么，该村民小组的土地所有权是否也同时转移到新兴办的乡镇企业呢(刘汉裔，2001)?上述二则案例说明当农村集体土地发生转移时，土地集体所有权属与使用权在法律上的确没有得到明确的规定和保障，从而产生一系列的问题也就显得十分棘手、难于管理。
