农民宅基地建设用房和农村集体经济组织统一建设开发的小产权房均不能上市自由流通，仅能在本集体经济组织内部转让流通，它们不具有普通商品的价值属性，故不能办理抵押登记，不论是农村房屋发证管理机关还是其他组织办理的抵押登记，均属无效行为。
根据《特权法》第184条之规定，耕地，宅基地，所有权、使用权不明或者有争议的财产不得抵押。
小产权房建设用地有的属于耕地，有的属于宅基地，有的属于产权不是晰的土地或者有争议的土地，总之，它们都属于没有变更成为商业用途的土地，故不能随意处置。
国家房地产登记管理机关不得为其颁发合法的房产证、土地使用权证，更不能办理抵押登记。
