(1)产生原因不同。违章建筑，是指在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证或违反建筑工程规划许可证的规定建设的，或采取欺骗手段骗取批准而占地的新建、扩建和改建的建筑物。违章建筑大体上可以分为两种：一是建筑人未取得土地使用权，因而也无法取得建筑许可证;二是在自己取得土地使用权的土地上建造违章建筑物，即虽有利用该建筑物占有范围内的土地建造房屋等建筑物的权利，但未经取得建筑许可证而擅自建设的建筑。违章建筑主要包括未申请或申请未获得批准，未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证的规定建成的建筑;擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑;擅自改变使用性质建成的建筑;擅自将临时建筑建设成为永久性的建筑。临时建筑，是指必须限期拆除、结构简易、临时性的建筑物、构筑物和其他设施。临时设施有规划部门的许可并有规定的使用期限，超过了批准期限的临时建筑必须由建设者在限期内自行拆除。
(2)特征不同。违章建筑最主要的特征就是不具有合法性，即违章建筑是不受法律保护的。由于其违反了法律的禁止性规定，所以原则上不予当事人所有权，不能依法进行产权登记。而未超过批准期限的临时建筑是合法建筑。
(3)处理方式不同。城市规划法第四十条规定：“在城市规划区内，未取得建设工程规划许可证的规定进行建设，严重影响城市规划的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令停止建设、限期拆除或者没收违法建筑物、构筑物或者其他设施;影响城市规划，尚可采取改正措施的，由县级以上地方人民政府城市规划行政主管部门责令限期改正，并处罚款。”临时建筑如果超过批准期，应当进行拆除，拆除超过批准期限的临时建筑不予补偿。但是拆除未到期的临时建筑，会给建设者带来一定的经济损失，因此，要对拆除未到期的临时建筑给予适当的补偿。
