我国植物新品种保护工作是由国家林业局和农业部两个部门来进行的。根据两部门在植物新品种保护工作上的分工，国家林业局负责林木、竹、木质藤本、木本观赏植物（包括木本花卉）、果树（干果部分）及木本油料、饮料、调料、木本药材等植物新品种保护工作。目前，我国对植物品种权的保护还仅限于植物品种的繁殖材料。对植物育种人权利的保护，保护的对象不是植物品种本身，而是植物育种者应当享有的权利。
育种者应提交相应的申请文件。文件内容包括：植物新品种权请求书、说明书和照片。
文件准备齐全后，申请林业植物新品种权的申请人，可以直接向国家林业局提出申请，也可委托国家林业局指定的代理机构代理申请。对于申请品种权的育种者，可以直接向国家林业局植物新品种保护办公室递交申请文件，也可通过邮局邮寄申请文件。
申请文件递交后，申请人所申请的保护品种将在国家林业局下发的书面公告或网上进行公告，如果在公告期没有任何人对该品种提出质疑，该申请人将获得新品种保护权。
第十四条 依照《条例》第四十五条的规定，列入植物新品种保护名录的植物属或者种，从名录公布之日起1年内提出的品种权申请，凡经过育种者许可，申请日前在中国境内销售该品种的繁殖材料未超过4年，符合《条例》规定的特异性、一致性和稳定性及命名要求的，农业部可以授予品种权。
第十五条 具有下列情形之一的，属于《条例》第十四条规定的销售：
（一）以买卖方式将申请品种的繁殖材料转移他人；
（二）以易货方式将申请品种的繁殖材料转移他人；
（三）以入股方式将申请品种的繁殖材料转移他人；
（四）以申请品种的繁殖材料签订生产协议；
（五）以其他方式销售的情形。
具有下列情形之一的，视为《条例》第十四条规定的育种者许可销售：
（一）育种者自己销售；
（二）育种者内部机构销售；
（三）育种者的全资或者参股企业销售；
（四）农业部规定的其他情形。
第十六条 《条例》第十五条所称“已知的植物品种”，包括品种权申请初审合格公告、通过品种审定或者已推广应用的品种。
第十七条 《条例》第十六条、第十七条所称“相关的特征或者特性”是指至少包括用于特异性、一致性和稳定性测试的性状或者授权时进行品种描述的性状。
第十八条 有下列情形之一的，不得用于新品种命名：
（一）仅以数字组成的；
（二）违反国家法律或者社会公德或者带有民族歧视性的；
（三）以国家名称命名的；
（四）以县级以上行政区划的地名或者公众知晓的外国地名命名的；
（五）同政府间国际组织或者其他国际国内知名组织及标识名称相同或者近似的；
（六）对植物新品种的特征、特性或者育种者的身份等容易引起误解的；
（七）属于相同或相近植物属或者种的已知名称的；
（八）夸大宣传的。
已通过品种审定的品种，或获得《农业转基因生物安全证书（生产应用）》的转基因植物品种，如品种名称符合植物新品种命名规定，申请品种权的品种名称应当与品种审定或农业转基因生物安全审批的品种名称一致。
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