软件著作权保护是指因为软件具有开发工作量大、开发投资高，而复制容易、复制费用极低的特点，为了保护软件开发者的合理权益，鼓励软件的开发与流通，广泛持久地推动计算机的应用，需要对软件实施法律保护，禁止未经软件著作权人的许可而擅自复制、销售其软件的行为。许多国家都制订有保护计算机软件著作权的法规。中国1990年颁布的《著作权法》规定，计算机软件是受法律保护的作品形式之一。2002年，中国颁布了《计算机软件保护条例》，对软件实施著作权法律保护作了具体规定。
软件著作权使用许可合同简称软件许可合同，是指软件著作人许可他人行使其软件著作权的合同。
许可他人行使软件著作权的，应当订立许可使用合同。许可使用合同中软件著作权人未明确许可的权利，被许可人不得行使。许可他人专有行使软件著作权的，当事人应当订立书面合同。没有订立书面合同或者合同中未明确约定为专有许可的，被许可行使的权利应当视为非专有权利。
许可使用合同包括下列主要内容：
(一)许可使用的权利种类;
(二)许可使用的权利是专有使用权或者非专有使用权;
(三)许可使用的地域范围、期间;
(四)付酬标准和办法;
(五)违约责任;
(六)双方认为需要约定的其他内容。
简单来讲，软件著作权在软件创作完成后即可获得，就是常说的进行软著登记，以起到类似公证的作用。
软件专利则不同。其一，专利必须向专利局提出申请才能获得。其二，软件专利申请描述的是软件的构思。
从上面就可以看出，著作权可以使你在别人对你的软件盗版时，采取保护措施，防止别人盗版。然而对于你的竞争对手来讲，他们跟你一样也是软件开发者，他们可以研究你的软件，理解你的思路，按照你的思路完全可以编出相同效果的软件，而且也不会侵犯你的著作权。这个时候，你软件中最核心的东西，即软件的构思，著作权是无法保护到的。
而软件专利则不同，其是以技术方案的形式申请的，就是你软件流程图的内容。授权后，保护的是软件的构思，他人采用该构思，就可能构成侵权。因此软件专利的保护力度比软件著作权要大的多，能保护软件最核心的东西。
另外，二者所采用的法律依据也不一样。
软件的著作权保护依据是《著作权法》和《计算机软件保护条例》，软件的专利权保护依据是《专利法》。
当然了，不是说软件专利保护力度大，就采取软件专利保护，其也有其自身的缺点。
申请专利，专利的技术资料就需要公开，专利权的维持也需每年缴纳年费，专利申请审查周期是2-3年，而软件市场的周期较短。
综合上面所述，可以简单总结软件著作权和软件专利的区别主要有以下几个方面：
1.著作权保护的是内容不被抄袭，专利保护的是方法不被盗用。
2.著作权在作品完成即可受保护，专利必须通过申请审核后才能受到保护。
3.软件都受版权保护，但是只有有创造性、新颖性、实用性的软件技术才能申请专利。
4.高新企业认定及相关政府项目软件著作权也是认可的，且可加急办理，相对于专利的长周期性，著作权在这方面具有一定的优势的。
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