软件著作权登记需要支付一定的登记费用的，而且登记的程序比较烦琐。不过，软件著作权登记尽管不再是强制性的要求，但是著作权登记还是有很强的现实意义。
1、作为软件得到重点保护的依据
《国务院〈鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策〉的通知》第三十二条规定：“国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。”
2、作为税收优惠的依据
根据《国务院〈鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策〉的通知》及财政部、国家税务总局的相关文件，国家对已经登记的软件将会予以重点保护，并享受有关税收、知识产权、融资、进出口、人才吸引等若干的优惠政策。
3、作为技术出资入股
《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定计算机软件可以作为高新技术出资入股，而且作价的比例可以突破公司法20%的限制达到35%。现在有的地方更规定软件可以作价100%以技术出资的规定。不过一般都要求软件著作权应当取得登记。
4、作为申请科技成果的依据
科学技术部关于印发《科技成果登记办法》的通知第八条规定：“办理科技成果登记应当提交《科技成果登记表》及下列材料：（一）应用技术成果：相关的评价证明（鉴定证书或者鉴定报告、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等）和研制报告；或者知识产权证明（专利证书、植物品种权证书、软件登记证书等）和用户证明。”这里的登记可以理解为著作权的登记，其他部委也有类似规定，以软件申请技术成果应当递交软件登记证书。
除此之外，软件著作权登记还有更为现实的意义，就是享有软件著作权证明作用。软件由一系列的代码组成，称为源代码，其可以无限制的复制。软件著作权所保护的是源代码，一般认为谁持有源代码，谁即是著作权人。由于源代码的可复制性，不象复制纸质材料那样可以区分原始与复制件，假使源代码保密不严，就很难区分著作权人。如果尽早进行著作权登记，取得《软件著作权登记证书》，这就是初步的权利证明，在发生软件著作权争议时，《软件著作权登记证书》是主张软件权利的有力武器，同时是向人民法院提起诉讼、请求司法保护的最好证据，而对方要证明《软件著作权登记证书》并非真正软件著作权人，在举证上具有相当大的难度。在进行软件著作权贸易时，《软件著作权登记证书》作为权利证明，也有利于交易的顺利完成。
