计算机软件的侵权行为，一般有两种形式：一是复制程序的基本要素或结构，这一点是较容易证实的，因为复制即表明是完全的翻版，只要完全一样就构成侵权。二是按一定的规则、顺序只复制部分软件代码。在第二种情况下，法院在判定时通常要审查被告是否窃取了足够多的软件程序表达形式。实际操作中，这个问题就比较复杂、比较难判断，因为计算机软件产品究竟要被复制多少比例，才能确定发生了抄袭的侵权行为，并没有固定数量限定。当然，复制的数量越大，就越易于取得证明其是侵权行为的证据，但是被复制的数量达到什么程度就可以认定为侵权，司法实践中也不是很好确定的事情。
对于复制数量小的情况，目前法院大多采用的判定标准包括：
一是接触附加。依照这个准则，只要发现接触，任何复制都将被认为是一种侵权行为。但是，我们认为这种观点是有一定局限性的，因为它忽视了查证两个软件作品之间是否存在“实质性”相似，而且把对计算机软件的保护范围扩大到对计算机程序中包含的“思想”，这与我国新修订的《著作权法》和《计算机软件保护条例》的基本精神相违背。
二是要求对计算机软件程序进行两步分析。首先，法院必须确认在两个计算机软件程序中所体现的“思想”是否相同：如果不同，则不构成侵权；如果相同，那么第二步就应该设法查证上述两个计算机软件的程序在“表现形式上”是否有实质性相似。
三是正在受到各方面广泛同意的叠合准则。依照这个准则，原告须证明：1、被告在完成他的软件产品时未经许可“使用”了原告享有在先软件著作权的程序作品；2、被告的软件作品是一种叠合而成的再生品，即采用了原告软件产品的实质部分与他自己开发的内容进行迭合复制。这个准则主要着眼于两个软件产品之间“质和量的相似”，是实际运用中比较好的判断方法。
通过总结多年代理计算机软件侵权案件的经验，我们认为，识别计算机软件侵权行为，直接、有效的判断标准是：实质性相似加接触（SubstantialSimilarityandAccess）。
实践中判定两个软件作品“实质性相似”的准则是：被指控的计算机程序是否极其类似于原告的计算机软件产品。计算机软件程序的“实质性相似”有两类：一是文字成分的相似，它以程序代码中引用的百分比为依据进行判断；二是非文字成分的相似，强调应该以整体上的相似作为确认两个软件之间实质上相似的依据。所谓整体上的相似是指两个软件产品在程序的组织结构、处理流程、采用的数据结构、产生的输出方式、所要求的输入形式等方面的相似。
计算机软件的程序有许多特征，这些特征已被用来鉴别两个程序之间是否相似，包括：
1、两个程序产生的输出是否相类似；
2、两个程序接受的输入是否相类似；
3、两个程序的数据结构是否相类似；
4、两个程序逻辑流程是否相类似。
在计算机软件侵权案的专家鉴定和技术对比工作中，上述的每一个特征都成为鉴定人员进一步详细分析两个计算机程序的表现形式是否一致的关键对比点，而鉴定人员正是通过这些关键点的对比得出供法官参考的鉴定结论。如果这些特征均不存在相似性，实际上也就不存在侵权行为的可能性。当然即使每一个特征都在一定程度上存在着相同或者相似，也不能充分证明侵权行为的发生，因为除了功能上的相似外，更重要的是实现功能的计算机程序的表现形式相类似，因为通常功能性的特征主要是体现软件开发者的设计“思想”（Ideas），而依据《中华人民共和国著作权法》和《计算机软件保护条例》，这种设计“思想”本身是不受著作权法保护的，因为实现同一功能可能会有许多不同的方法，仅仅是功能性特征相同并不能证明计算机软件程序代码相同。
证明计算机软件侵权的另一个重要因素就是接触，所谓“接触”是指原告的软件产品已公开销售，或者被告主要的软件开发人员曾在原告处工作过，或者原、被告之间曾有过合作关系等，这些通常可以证明被告曾有机会接触原告软件产品的核心内容，从而使得被告软件的开发工作有“借鉴”原告软件核心内容的嫌疑。
以权利人在被侵权期间可得利润的减少作为权利人的损失。这种计算方法的优点是所得出的损失额比较接近于实际损失，且适用范围广，可用来计算大部分软件侵权案的侵权损失额。不足之处是没有考虑到市场因素的影响，当市场变化较大时，不宜采用这种方法。
即以侵权者侵权所获利润作为权利人的损失。在实践中，这种计算方法运用得比较少。主要是因为，对侵权者的销售情况取证困难，不易确定侵权者的真实获得情况。其次，计算机软件属知识密集型产业，开发费用大，投资高，但复制却比较容易。一份不加的软件一经销出，就无法控制其再行复制的传播范围了。仅以查获的非法利润所得作为权利人的损失，显然是不客观的。
另外，从社会效果来看，如果仅判定侵权者赔偿已查明的非法收益，那么对他来讲是无关痛痒的，甚至还可获得未被发现的非法收入，因此就不利于打击侵权者的违法行为。如果权利人与侵权者的销售地区不在一个区域，侵权者的侵权行为对于权利人的销售情况影响不大，在不知道许可使用费的情况下，可以采用这种方法。当然，这就需要对侵权者的销售情况进行深入、细致的调查，确定查清侵权者的获利情况。
关于法定赔偿，解释第二十五条：“权利人的实际损失或者侵权人的违法所得无法确定的，人民法院根据当事人的请求或者依职权适用著作权法第四十八条第二款的规定确定赔偿数额。人民法院在确定赔偿数额时，应当考虑作品类型、合理使用费、侵权行为性质、后果等情节综合确定。”解释做一些限制，法官在行使自由裁量权的时候，应当参照一些情节综合确定。关于合理开支，解释第二十六条：“著作权法第四十八条第一款规定的制止侵权行为所支付的合理开支，包括权利人或者委托代理人对侵权行为进行调查、取证的合理费用。人民法院根据当事人的诉讼请求和具体案情，可以将符合国家有关部门规定的律师费用计算在赔偿范围内。”和商标侵权赔偿的相关规定一样，软件侵权也明确规定律师费也可以作为合理开支。
软件侵权所造成的间接损失主要为权利人行使软件作品著作权的可得利益损失。这些损失包括权利人丧失的市场份额及市场竞争力上的削弱，以及商业信誉的损失。此外，对于用制止侵权行为的合理费用也应计算在内。
在实践中，制止侵权行为的合理费用的范围一般包括：
1、合理的律师费用；
2、调查取证及为制止侵权行为所支付的正当差旅费等；
3、为举证而查阅、复印有关资料而支付的合理费用；
4、合理的鉴定费以及办理证据保全公证费用等其他合理费用。
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