侵权行为的证据
这是最主要的，司法实践中采用“实质性相似加接触原则”，即要有证据能证明原告软件和被告软件是相同的或构成实质性相似，并且被告接触了或有可能接触了原告的软件，就可以初步认定侵权行为的存在。
1、原告软件的程序和文档；
2、被告软件的的程序和文档；
3、原告软件和被告软件的程序和文档经比对后是相同的或实质性相似的证据，此证据最好申请知识产权司法鉴定机构做司法鉴定，鉴定结论证明力一般大于其他书证、视听资料和证人证言，证明力也较高；
4、被告接触了原告软件的程序和文档，只要能证明有接触的可能性就可以，比如原告的原软件开发人员跳槽到被告单位工作。
上述程序和文档，主要是指相应软件的源程序和与源程序开发有关的开发文档；但一般情况下，原告很难获得被告软件的源程序，即使原告申请了法院调查收集证据，被告也会拒绝提供其软件源程序，此时如果原告能证明双方软件的目标程序相同或实质性相似；或者虽不相同或者实质性相似，但是被告软件的目标程序中存在原告软件中的特有内容；或者双方软件的运行界面相同的，可以认定原告完成了相应的举证责任，这样做的法理依据是《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条的规定，“有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。”
原告损失的证据
这是主张赔偿的主要依据。原告首先要根据其实际损失要求赔偿；实际损失难以计算时，可以按照被告的违法所得要求赔偿。注意这是个递进的关系。赔偿数额还应当包括原告为制止侵权行为所支付的合理开支。原告的实际损失或者被告的违法所得不能确定的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。
其他证据
1、被告过错的证据往往包含在以上三类证据中，甚至有时是很明显的，不证自明的。
2、因果关系的证据也包含在以上三类证据中，证明的难点往往不在于原告有没有损失，而是在于原告的实际损失是否全部来源于被告的侵权行为。
