所谓自由裁量权是指在法律法规没有规定或者规定有缺陷时，司法、执法人员根据法律授予的职权，在有限范围内按照立法目的、精神和公正原则处理案件的权力。由于专利法对于证据的采用及程序没有作出具体的规定，专利审查机关在参照民事诉讼的证据制度进行专利审查而出现事实无法查明的情况下，审查员可以根据证据理论原则，对申请人提交的证据作出是否予以采信的决定，这是法律赋予审查员在行使专利审查职权时的自由裁量权。当然专利审查员的行政自由裁量权并不是可以随心所欲的使用。一般来说，行政主体对于法律要件之事实问题无裁量的权力，对于法律要件之适用法律意义亦无裁量的权力，而对于法律后果，行政主体可以行使行政自由裁量的权力。专利审查的自由裁量权正是在举证责任的结果责任中发挥了其应有的职能。如果申请人提供的证据不能说服审查员相信其证明的事实，审查员则可以作出裁决，使申请人承担专利申请被驳回的后果责任。在对申请人提交的依据是否予以采信而行使自由裁量权时，可以通过遵循以下几种原则，以避免自由裁量权的滥用。
1.自由心证原则
自由心证是指对证据的取舍，证据的证明力以及对案件事实的认定规则等，法律不预先加以明文规定，而由法官按照自已的良心、理性自由判断，形成确信。法官通过对证据的审查判断所形成的那种内心信念为“心证”，当这种心证达到深信不疑或者排除任何合理怀疑的程度，便成为“确信”，这种自由判断证据所形成的内心确信被认为是一种理性状态，是法官认定案件事实的依据“。传统的自由心证制度是对中世纪后期宗教法庭所推行的法定证据制度的改革，而在批判传统的自由心证的基础上所产生的现代自由心证，包含两方面的内容，一方面，法官具有自由判断证据的职权和职责，其他人无权随意干涉;另一方面，法官自由裁量证据的行为受到法律规则尤其是证据规则的制约，其行为必须符合基本的证据法则，具体而言这种自由心证强调”对等的自由“，它不仅要求法官的心证自由，而且要求保障社会公众和新闻媒体的”旁听自由“以及对心证结果进行公正评论的权利，也即现代自由心证具有公开性。
专利审查员在审查证据行使行政自由裁量权时，可以遵循上述自由心证原则，凭着自己的理性、良知公正地自由判断证据的可信性，并依照证据规则作出审查决定。特别是在没有明确法律规定证明标准的情况下，自由心证是审查员行使行政自由裁量权的重要规则之一。例如，对于药物专利申请的医疗效果举证问题，法律、法规并没有规定统一的评判标准，审查员自由凭借自己的专业知识和理性、良心甚至感觉，作出对医疗效果是否采信的决定。
2.适当采用举证责任分配原则的盖然性学说
依盖然性学说，在待证事实不明的情况下，该待证事实依人类的生活经验及统计数据来衡量，如果其发生的盖然性程度高，则主张该事实发生的当事人不负举证责任，而应由相对人就该事实不发生进行举证。因为在事实不明而当事人又无法举证的情况下，法院认定盖然性较高的事实发生，远比认定盖然性较低的事实不发生更能接近真实而避免错误的判决。所以，在举证责任分配的设计上，应由主张事实盖然性较低的当事人负举证责任。审查员在行使行政自由裁量权时，如果能够在内心中可以判断何种事实发生的盖然性较高，则可以采用上述原则，以分配举证责任。例如，一件药物专利申请，其功能为治疗癌症，申请人在申请文件中描述了该药物对肝癌的有效率为98%，审查员难以相信其结论，又无法查明其真实疗效，在这种情况下审查员可以按照举证责任分配原则盖然性说，行使自由裁量权，将举证责任分配给申请人。因为按照当前的医学水平，对肝癌的治愈率达到98%的概率很低，而应由提出这一事实主张的专利申请人负举证责任。
3.运用推定规则
推定本身并非证据，而是一种证据法则。它是指因某一事实的确立，根据经验法则和逻辑规则进行推理而得出的关于另一事实的假定。法官本着经验法则，并依据基础事实进行的事实推定，在我国已为立法所承认。这一证据规则为审查员行使行政自由裁量权提供了一种可操作性的执法依据。一般大陆法系国家把推定分为法律上的推定和事实上的推定，法律上的推定一般采用逻辑推理者较多，而事实上的推定则多采用经验法则，事实的推定又称显而易见的推定。审查员在判断创造性时，可根据事实上的推定规则，从对比文件的基础事实推定出专利申请的显而易见性而否定其创造性。不过由于以上两种推定允许反驳，审查员在依据经验或常识进行推定必须采取严谨的态度。
通过以上分析可以发现，专利审查工作属于频繁运用证据规则的行政行为，虽然以上证据规则可以借鉴用于专利审查过程，但是从依法行政的角度来讲，应当尽可能减小行政自由裁量权的范围，这便为我国专利法的立法完善提出了更高的目标。
首先，目前我国专利法当中的证据规则数量太少，使得审查员在证据审查方面缺乏根据，特别是在举证责任的分配原则方面，专利法应当作出较为细致的规定。
其次，建议专利法引人证据时效制度。专利法第33条已经明文规定：“对发明和实用新型专利申请文件的修改不得超出原说明书和权利要求书记载的范围”。这意味着在申请日之后，申请人不得将实质性技术内容补充到申请文件当中，其立法宗旨是防止申请人为了尽早获取申请日而把未完成之发明事先注册之后再不断补充技术内容，以避免与申请日之后他人完成相同之发明发生权利冲突。既然如此，对于原始申请文件当中没有公开的详细医疗效果数据，在申请日之后作为证据提交，不能排除该疗效资料乃申请日之后实验完成的可能性，这与上述的立法宗旨是相违背的，对公众也是不公平的，因为作为证据的这些资料只能存入档案而不作为专利文件的公开内容。特别是在没有证据时效规定的情况下，申请人可以随时递交证据，这无疑促使了审查流程的迟延。因此有必要在专利法中规定证据时效。
